python - 使用 Nipy 在 python 中下采样 mri T1 图像

Question

我有一个 T1 图像 (NIFTI)，已经对齐，尺寸为 121 x 145 x 121。
图片由 nibabel 加载。体素大小为 1.5 x 1.5 x 1.5 mm。
我想将其下采样为分辨率为 2.0 x 2.0 x 2.0 毫米的图像并保持图像对齐。

我对 MRI 图像处理知之甚少。我找不到清晰的教程。

我该怎么做？如果您知道任何其他 Python 库可以做到这一点，它也可以。

Answer 1

我建议使用 Nibabel。它可以在几行内对您的 nifti 文件进行下采样。<​​br/>将图像重新采样为 2x2x2 体素大小的示例:

import nibabel
import nibabel.processing

input_path = r'/input/path/input_img.nii.gz'
output_path = r'/output/path/output_img.nii.gz'
voxel_size = [2, 2, 2]

input_img = nibabel.load(input_path)
resampled_img = nibabel.processing.resample_to_output(input_img, voxel_size)
nibabel.save(resampled_img, output_path)

只需更新 input_path 和 output_path 即可反射(reflect)您的文件。 resample_to_output 函数中的第二个参数 (voxel_size) 需要匹配输入的维度或者是单个值，然后 nibabel 将假定您希望所有维度的体素大小相同。

尼巴贝尔信息:
文档:http://nipy.org/nibabel/ .
安装说明:https://anaconda.org/conda-forge/nibabel