python - Reticulate 无法安装 python 包

Question

我正在尝试在 RStudio 中运行 Seurat 管道(Windows 10，这需要安装 python 库“umap-learn”(Seurat 演练:https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html)。

为了安装上述库，我按以下方式在 R 中使用网状库:

library(reticulate)
py_install(packages = 'umap-learn')

我收到以下错误:

Error in conda_python(envname = envname, conda = conda) : 
  conda environment r-reticulate not found

我已经尝试了所有我能想到的:

• 直接为 py_install 提供 python 的路径
• 卸载/重新安装 RStudio
• 卸载/重新安装 Anaconda
• 尝试将 Anaconda 添加到系统路径
• 使用 Reticulate 的开发工具版本
• 使用 use_python 函数:use_python("C://Users/lvlah/Anaconda3/python.exe")

对此我束手无策 - 我的同事都没有遇到过这个问题。任何帮助将不胜感激。

Answer 1

我遇到了同样的问题，问题似乎是您需要先手动创建 r-reticulate 环境。我在 Anaconda Navigator 中手动完成，但您也可以在 R 中执行 conda_create("r-reticulate")，详见 this tutorial .