python - 如何将所有生成的排列保存到 Numpy 数组中？

Question

我想生成所有使用 itertools.product() 生成的排列并将其保存到一个数组中。目前，我正在尝试获取字符“ACGT”的所有长度为 2 的排列。当我尝试使用 numpy.asarray() 时，仅保存最终排列 (['T', 'T'])，我认为这是因为数组中的条目每次都被覆盖。我试过以下方法，

import itertools as it
import numpy as np

for x in it.product('ACGT', repeat=2):
    array = np.asarray(x)

print(array)
['T', 'T']

我稍后想为更大的“单词”长度执行此操作，但当我只期望 16 个结果时，测试起来会更容易。如果我使用的是 R，我会创建一个空向量并依次添加到向量中……但是，我仍在尝试掌握 Python 的窍门……请指教!

Answer 1

这不起作用的原因是因为对于it.product(..) 的每个 结果，您为那个 结果创建了一个数组.不是为了整个结果。

你可以创建这样的矩阵:

np.array(<b>list(</b>it.product('ACGT', repeat=2)<b>)</b>)

或者使用meshgrid:

dna = np.array(list('ACGT'))
np.transpose(<b>np.meshgrid(</b>dna, dna<b>)</b>).reshape(-1,2)

两者都生成一个如下所示的数组:

array([['A', 'A'],
       ['A', 'C'],
       ['A', 'G'],
       ['A', 'T'],
       ['C', 'A'],
       ['C', 'C'],
       ['C', 'G'],
       ['C', 'T'],
       ['G', 'A'],
       ['G', 'C'],
       ['G', 'G'],
       ['G', 'T'],
       ['T', 'A'],
       ['T', 'C'],
       ['T', 'G'],
       ['T', 'T']], dtype='<U1')