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我有一个点数组(称为点),由大约 30000 个 x、y 和 z 值组成。我还有一个单独的点数组(称为顶点),大约 40000 个 x、y 和 z 值。后一个数组索引一些边长为 size 的立方体的左下角。 我想找出哪些点位于哪些立方体中,以及每个立方体中有多少点。我写了一个循环来执行此操作,其工作方式如下:
for i in xrange(len(vertices)):
cube=((vertices[i,0]<= points[:,0]) &
(points[:,0]<(vertices[i,0]+size)) &
(vertices[i,1]<= points[:,1]) &
(points[:,1] < (vertices[i,1]+size)) &
(vertices[i,2]<= points[:,2]) &
(points[:,2] < (vertices[i,2]+size))
)
numpoints[i]=len(points[cube])
(循环是对各个立方体进行排序,“立方体”创建一个 bool 索引数组。)然后我将 points[cube] 存储在某个地方,但这并不是让我慢下来的原因;这是“cube=”的创建。
我想加快这个循环(在 macbook pro 上需要几十秒才能完成)。我尝试用 C 重写“cube=”部分,如下所示:
for i in xrange(len(vertices)):
cube=zeros(pp, dtype=bool)
code="""
for (int j=0; j<pp; ++j){
if (vertices(i,0)<= points(j,0))
if (points(j,0) < (vertices(i,0)+size))
if (vertices(i,1)<= points(j,1))
if (points(j,1) < (vertices(i,1)+size))
if (vertices(i,2)<= points(j,2))
if (points(j,2) < (vertices(i,2)+size))
cube(j)=1;
}
return_val = 1;"""
weave.inline(code,
['vertices', 'points','size','pp','cube', 'i'])
numpoints[i]=len(points[cube])
这使它的速度提高了两倍多。在 C 中重写 both 循环实际上只比原始的 numpy-only 版本快一点,因为频繁引用数组对象是跟踪哪些点在哪些立方体中所必需的。我怀疑有可能更快地做到这一点,而且我错过了一些东西。谁能建议如何加快速度?我是 numpy/python 的新手,在此先感谢。
最佳答案
您可以使用 scipy.spatial.cKDTree 来加速这种计算。
代码如下:
import time
import numpy as np
#### create some sample data ####
np.random.seed(1)
V_NUM = 6000
P_NUM = 8000
size = 0.1
vertices = np.random.rand(V_NUM, 3)
points = np.random.rand(P_NUM, 3)
numpoints = np.zeros(V_NUM, np.int32)
#### brute force ####
start = time.clock()
for i in xrange(len(vertices)):
cube=((vertices[i,0]<= points[:,0]) &
(points[:,0]<(vertices[i,0]+size)) &
(vertices[i,1]<= points[:,1]) &
(points[:,1] < (vertices[i,1]+size)) &
(vertices[i,2]<= points[:,2]) &
(points[:,2] < (vertices[i,2]+size))
)
numpoints[i]=len(points[cube])
print time.clock() - start
#### KDTree ####
from scipy.spatial import cKDTree
center_vertices = vertices + [[size/2, size/2, size/2]]
start = time.clock()
tree_points = cKDTree(points)
_, result = tree_points.query(center_vertices, k=100, p = np.inf, distance_upper_bound=size/2)
numpoints2 = np.zeros(V_NUM, np.int32)
for i, neighbors in enumerate(result):
numpoints2[i] = np.sum(neighbors!=P_NUM)
print time.clock() - start
print np.all(numpoints == numpoints2)
center_vertices = vertices + [[size/2, size/2, size/2]]
tree_points = cKDTree(points)
_, result = tree_points.query(center_vertices, k=100, p = np.inf, distance_upper_bound=size/2)
输出是:
2.04113164434
0.11087783696
True
如果一个立方体中有超过 100 个点,您可以在 for 循环中通过 neighbors[-1] == P_NUM
进行检查,并对这些顶点执行 k=1000 查询。
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