python - XML 数据的图形可视化

Question

我有一个如下所示的 XML 文件:

<rebase>
   <Organism>
     <Name>Aminomonas paucivorans</Name>
       <Enzyme>M1.Apa12260I</Enzyme>
         <Motif>GGAGNNNNNGGC</Motif>
       <Enzyme>M2.Apa12260I</Enzyme>
         <Motif>GGAGNNNNNGGC</Motif>
   </Organism>
   <Organism>
    <Name>Bacillus cellulosilyticus</Name>
       <Enzyme>M1.BceNI</Enzyme>
         <Motif>CCCNNNNNCTC</Motif>
       <Enzyme>M2.BceNI</Enzyme>
         <Motif>CCCNNNNNCTC</Motif>
   </Organism>
</rebase>

我想将此 XML 数据可视化为图形格式。连通性使得许多 enzyme 可以包含共同的基序，但没有有机体可以具有相似的 enzyme 。我看了d3.js但我认为它没有我要找的东西。我对 neo4j 似乎提供的可视化感到非常兴奋，但我需要从头开始学习它。但是，我还没有遇到任何关于通过 XML 数据集在 neo4j 中导入或创建图形的好教程。我知道在编程世界中一切皆有可能，所以我想知道将数据(最好使用 python)导入到 neo4j 数据库以将其可视化的可能方式。

更新

我试着按照这个 answer (这个问题下的第二个答案)。我创建了他建议的 2 个 CSV 文件。但是查询有很多语法错误，例如:

1. 无效输入“S”:应为“n/N”(第 6 行，第 2 列)
“使用定期提交”
2. 在 CREATE 和 LOAD CSV 之间需要 WITH(第 6 行，第 1 列)
“MATCH (o:Organism { name: csvLine.name}),(m:Motif { name: csvLine.motif})”

我的 cypher 查询技能非常有限，我无法让任何 imports 正常工作，所以我自己修复查询被证明是非常困难的。任何帮助将不胜感激

Answer 1

还有一系列帖子如何将 XML 导入 Neo4j。

• http://supercompiler.wordpress.com/2014/07/22/navigating-xml-graph-using-cypher/
• http://supercompiler.wordpress.com/2014/04/06/visualizing-an-xml-as-a-graph-neo4j-101/

首先，您应该将数据的外观建模为图形，您的用例需要哪些实体以及哪些语义连接。

一般来说，如果您可以在 python 中加载数据，则可以使用 py2neo 或 neo4jrestclient(参见 https://neo4j.com/developer/python/)将数据导入模型。