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python - 是否可以直接在 biom.Table 对象中获取轴的长度?

转载 作者:太空宇宙 更新时间:2023-11-04 01:13:37 25 4
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是否可以直接在 biom.Table 中查找轴的长度?对象,或者您是否需要执行类似以下的操作,其中 t 是一个 Table 对象:

if axis == 'sample':
length = t.shape[0]
elif axis == 'observation':
length = t.shape[1]
else:
raise UnknownAxisError(axis)

似乎更好的方法是使用 t.length(axis) 这样的方法。是否存在这样的功能?

最佳答案

目前最好的方法是:

>>> from biom import example_table
>>> axis = 'sample'
>>> print example_table.ids(axis).size
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__len__ 目前没有重载,因为不清楚应该返回哪个轴。不过,使用 length 方法可能是有意义的,如果您认为使用它会更清楚,最好的下一步是在 github project 上创建一个问题。 .

关于python - 是否可以直接在 biom.Table 对象中获取轴的长度?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/26050412/

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