python - 执行 R 脚本后获取结果到 python 变量

Question

我正在从 python 执行一个 r 脚本，我希望输出在 python 变量中可用。我该怎么做？

python 脚本:

import subprocess 

def runR(id, lat, long):
    value = subprocess.popen("C:/R/R-3.2.0/bin/Rscript      E:/Personal/python/script.R --args "+id+" "+lat+" "+long , shell=True)
    print value

R 脚本:

a = "Hello";

我希望 Hello 在 python 变量值上可用。

Answer 1

你可以使用 rpy2 :

import rpy2.robjects as robjects

robjects.r('''
a = "Hello";
''')
a = robjects.r['a']

作为替代方案，您可以重写您的 R 脚本，以便它将其结果以某种众所周知的格式(例如 json)转储到标准输出，然后使用 subprocess 模块运行它，并解析结果:

#!/usr/bin/env python
import json
import subprocess

id, lat, long = 1, 40, 74 
out = subprocess.check_output(r"C:\R\R-3.2.0\bin\Rscript.exe "
                              r"E:\path\to\script.R --args "
                               "{id} {lat} {long}".format(**vars()))
data = json.loads(out.decode('utf-8'))

注意:如果您在此处使用可执行文件的完整路径，则无需在 Windows 上使用 shell=True。