python - snakemake 中的“没有为通配符错误给出值”

Question

我正在尝试使用 snakemake 创建一个简单的管道，从网络上下载两个文件，然后将它们合并为一个输出。

我认为可行的是以下代码:

dwn_lnks = {
    '1': 'https://molb7621.github.io/workshop/_downloads/sample.fa',
    '2': 'https://molb7621.github.io/workshop/_downloads/sample.fa'       
    }
import os

# association between chromosomes and their links
def chromo2link(wildcards):
    return dwn_lnks[wildcards.chromo]

rule all:
    input:
        os.path.join('genome_dir', 'human_en37_sm.fa')

rule download:
    output:
        expand(os.path.join('chr_dir', '{chromo}')),
    params:
        link=chromo2link,
    shell:
        "wget {params.link} -O {output}"


rule merger:
    input:
        expand(os.path.join('chr_dir', "{chromo}"), chromo=dwn_lnks.keys())
    output:
        os.path.join('genome_dir', 'human_en37_sm.fa')
    run:
        txt = open({output}, 'a+')
        with open (os.path.join('chr_dir', "{chromo}") as file:
                    line = file.readline()
                    while line:
                        txt.write(line)
                        line = file.readline()
        txt.close()

此代码返回错误:没有为通配符“chromo”提供值。在第 20 行

另外，在合并规则中，run 中的 python 代码不起作用。

snakemake 包中的教程没有涵盖足够的示例，无法让非计算机科学家了解详细信息。如果有人知道学习如何使用 snakemake 的好资源，如果他们可以分享，我将不胜感激 :)。

Answer 1

问题是您在规则 download 的输出中有一个 expand 函数，它没有定义通配符 {chromo} 的值。我猜你真正想要的是

rule download:
output:
    'chr_dir/{chromo}',
params:
    link=chromo2link,
shell:
    "wget {params.link} -o {output}"

没有展开。 expand 函数只需要通过通配符进行聚合，就像您在规则 merger 中所做的那样。

另请参阅官方的 Snakemake 教程，其中对此进行了详细解释。