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python - 在 Snakemake 脚本中使用 argparse

转载 作者:太空宇宙 更新时间:2023-11-04 00:30:34 29 4
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是否可以将自定义命令行参数传递给 snakemake 脚本?我已经尝试过,但是使用 argparse 执行 Snakefile 会导致错误 snakemake: error: unrecognized arguments: -zz。下面是一个示例脚本。

import argparse

def get_args():
parser = argparse.ArgumentParser(description='Compares Illumina and 10x VCFs using RTG vcfeval')

# required main arguments
parser.add_argument('-zz', metavar='--filename', dest='fn', help='Filename', required=True)

# parse arguments
args = parser.parse_args()

fn = args.fn
return fn

fn = get_args()

rule test_1:
input:
fn + "/example.txt"
shell:
"echo Using file {input}"

最佳答案

从命令行传递参数是 possible using --config .例如:

snakemake --config zz="filename"

在snakefile脚本中,可以这样使用:

rule test_1:
input:
fn + config['zz']
shell:
"echo Using file {input}"

See the doc了解更多信息。

关于python - 在 Snakemake 脚本中使用 argparse,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/45971333/

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