python - 如何从 Python 3.4.2 控制 ImageJ

Question

我正在尝试使用 Python 3.4.2 来控制 ImageJ

我想做的是来自 python 代码 ,我想向 imageJ 发送命令以分析一些图像、检测边缘、对比度、噪声等这里有一个类似的问题 How to connect ImageJ to python?但是没有答案，比如“安装这个，然后用这个命令控制 Find Edges 按钮”

我想知道我该怎么做，有人可以帮助我吗

我找到了这个link ，还有这个 link ，他们说使用“import ij”是可能的，但没有我可以使用或安装的 ij 库。

还有 ImageJ website在“如何从我的软件中调用 ImageJ？”中指出“如果您的软件是用另一种语言(如 C 或 Python)编写的，则有许多方法可以集成 Java 功能。您必须选择最适合您的特定要求的方法。”但没有具体说明

这个Google webpage说使用“py4ij”我可以用 python 控制 imagej “Py4IJ - ImageJ 的 Python - 允许 Python 和 Jython 访问 ImageJ 的插件和 IDE”

但是我不知道怎么运行，求助

作为 Imagej 的替代品是 Fiji 但我不确定 python 是否可以控制它或者我必须使用 Fiji , 和 Fiji tutorial

我最后的选择是使用 OpenCV用于图像处理，但我实际上需要使用 ImageJ 或 Fiji，因此 OpenCV 不是有效答案

谢谢

编辑

根据第一个答案，它建议编写一个 CellProfiler 的 RunImageJ 模块，但我的问题是我是否必须安装 CellProfiler？来自 here , 以下示例 here和 here并运行 module

或者我应该遵循 this link 中的原生 Python 思想吗？

无论如何，第一个答案链接谈论的是 Jython，但我不能使用 Jython，它的最新版本是基于 python2.7 而我使用的是 3.4，并且没有针对 jython 3.x 的开发

帮助

Answer 1

最近在新的 ImageJ 论坛上讨论了 Python 与 ImageJ 的集成；查看Python scripting线程。

虽然它侧重于从 ImageJ 调用 NumPy 等本地代码包装的 Python 模块，但一些解决方案也解决了反向(从 Python 调用 ImageJ)，特别是 CellProfiler 的 RunImageJ 模块。正如那里所讨论的那样，专门的程序员可以从那里开始，并为社区的利益拥护一个更通用的解决方案。

一般来说，这个问题在 Python 上的 ImageJ wiki 上进行了讨论。页面，特别是 section on limitations .