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python-3.x - Python 3D 图像分割在分水岭的距离图中找到局部峰值

转载 作者:太空宇宙 更新时间:2023-11-03 21:50:27 27 4
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我正在尝试在 python 中分割多孔网络的 3d 层析成像。我能够使用 ndimage.distance_transform_edt 计算距离图,使用 feature.peak_local_max 计算峰值。当我应用分水岭算法时得到一个可接受的结果,但峰的标记不在距离图的可见峰处,参见图像

提前致谢

enter image description here

这里代码a是图片

D = ndimage.distance_transform_edt(a)
localMax = feature.peak_local_max(D, indices=False, min_distance=50,
labels=a)
localMax2 = feature.peak_local_max(D, indices=True, min_distance=50,
labels=a)

markers = ndimage.label(localMax, structure=np.ones((3,3,3)))[0]
labels = morphology.watershed(-D,markers,mask=a)

最佳答案

我找到了一个方法:

我必须排除边界并应用阈值

     D = ndimage.distance_transform_edt(a)

localMax = feature.peak_local_max(D, indices=False, min_distance=30,
labels=a,threshold_abs=9,exclude_border=1)
localMax2 = feature.peak_local_max(D, indices=True, min_distance=30,
labels=a,threshold_abs=9,exclude_border=1)

#markers = ndimage.label(localMax, structure=np.ones((3,3,3)))[0]
markers = ndimage.label(localMax, structure=np.ones((3,3,3)))[0]
labels = morphology.watershed(-D,markers,mask=a)
regions=measure.regionprops(labels,intensity_image=a)

关于python-3.x - Python 3D 图像分割在分水岭的距离图中找到局部峰值,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/51847066/

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