python - 当兴趣点位于图像边缘时如何裁剪 3D 图像？

Question

我有一个尺寸为 512*512*30 的 3D 图像。我还有一个 csv 文件，其中存储了兴趣点。我想在兴趣点周围裁剪大小为 32*32*16 的 3D 体积，并以该点为中心。我编写了以下内容来实现此目的:

block = [32, 32, 16]
img = imageio.volread('path\\to\\tiff\\file')
x, y, z = 191, 303, 17
img_block = img_block[x - int(block[0] / 2):x + int(block[0] / 2),
                              y - int(block[1] / 2):y + int(block[1] / 2),
                              z - int(block[2] / 2):z + int(block[2] / 2)]

这在上述情况下有效，但当我在边缘有 x,y,z 点时失败，例如在 z = 28 处，我收到了超出范围的错误，这是预期的。

如何避免这个问题并确保顺利复制？

谢谢

Answer 1

填充的答案可能如下所示:

import numpy as np

point = [0,1,2]
img = imageio.volread('path\\to\\tiff\\file')
block = [32,32,16]
img_x, img_y, img_z = img.shape
img_padded = np.pad(img, block, 'constant', constant_values=0) #lookup np.pad for other padding options
img_block = img_padded[point[0]-block[0]/2:point[0]+block[0]/2...]