python - 脚本(python，applescript，bash)使用pdf2tiff自动将一组金字塔平铺图像转换为一组大tiff？

Question

我觉得这应该是一个非常简单的解决方案，但我似乎仍然无法让它发挥作用。

我有数百个(更多!)组织病理学病例的大型金字塔平铺图像，创建了一个滨松扫描仪，可以输出 NDPI 格式的图像，即全玻片成像 (WSI)。 NdpiTools 包中已经有一个名为 ndpi2tiff 的工具，它可以完成最困难的部分。它将分析 ndpi 文件 (XYZ.ndpi) 并创建新的 tiff 文件 (XYZ.tif)。不幸的是，您不能使用 *.ndpi 通配符参数并只能批量转换所有文件。将它们一一转换是不切实际的。我搞乱了 applescript(在 Mac 上，但安装了 python)，并且只收到错误，要么没有输入被定向到 ndpi2tiff，要么它会尝试对目录/文件夹而不是其中的文件进行操作。

用法是:ndpi2tiff -options [image2convert.ndpi]

位于/usr/local/bin

https://www.imnc.in2p3.fr/pagesperso/deroulers/software/ndpitools/

有什么建议吗？

Answer 1

您可以在命令行(bash)上使用find和-exec:

find . -name '*.ndpi' -exec ndpi2tiff -options {} \;

您可以使用您喜欢的任何选项(替换 -options)。