python - 使用 rpy2 将 R 包安装/导入到 python 中，导入/忽略有问题的包

Question

这是我正在尝试做的事情:

1. 我想使用discrete Kolmogorov-Smirov Goodness-of-fit test ，目前仅在 R 中可用。此外，R has the normal KS test as well -- 我不想使用这个测试。
2. 我是 python 用户，因此需要将离散 KS 测试移植到 python，以执行此操作 I am trying to use rpy2。

我面临的问题，详见更多统计详细信息 here ，是rpy2似乎用标准版本替换了导入的离散测试。我知道这一点是因为它在测试时不会产生正确的答案。

迄今为止的尝试

import rpy2.robjects.packages as r
utils = r.importr("utils")
package_name = "dgof"
utils.install_packages(package_name)

结果

/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: 

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: 
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpTBas6a/downloaded_packages’
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Updating HTML index of packages in '.Library'

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Making 'packages.html' ...
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning:  done

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
rpy2.rinterface.NULL

好的，到目前为止一切顺利，应该已经安装了。因此，让我们导入它:

# Import Discrete goodness-of-fit package which includes KS and CVM tests.
dgof = rpackages.importr('dgof')

真的是进口的吗？让我们看看:

env = r.wherefrom('dgof')

返回

/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Error: object 'dgof' not found

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: In addition: 
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Warning message:

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: In (function (x, y, ..., alternative = c("two.sided", "less", "greater"),  :
  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: 

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning:  cannot compute correct p-values with ties

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)

  warnings.warn(x, RRuntimeWarning)

好吧，这很奇怪，但也许它仍然有效，让我们看看(this is exactly the same example as used on the R side 并且应该返回D = 0.66667，p-value = 0.07407):

import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
import numpy as np
a = np.array([1,1,1])
b = np.arange(1,3)
dgof.ks_test(a,b)

返回

D = 0.5, p-value = 0.925086

如果这对你来说没有任何意义，那没关系，你需要知道的是，这是错误的。这似乎是错误的，因为不知何故，正在加载标准 ks_test 来代替离散测试(我们在上面列表中的第 2 项中讨论的测试)。让我们通过加载标准库和 KS 测试来验证:

from rpy2.robjects.packages import importr
base     = importr('base')
stats    = importr('stats')
import rpy2.robjects.numpy2ri
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
import numpy as np

a = np.array([1,1,1])
b = np.arange(1,3)
stats.ks_test(a,b)

返回

D = 0.5, p-value = 0.925086

这很酷——有人知道为什么会发生这种情况吗？

注意: this question is related to my other question ，但在 python 方面有更多细节。

Answer 1

Has it really imported it? Lets see:

env = r.wherefrom('dgof')

returns

/home/usr/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py:146: RRuntimeWarning: Error: object 'dgof' not found

RRuntimeWarning 来自 R 本身，并且是人们所期望的。没有对象 dgof 因为 R 包命名空间不是对象。

您想要的可能是 wherefrom('ks.test') (请参阅 https://rpy2.github.io/doc/v2.9.x/html/robjects_rpackages.html#finding-where-an-r-symbol-is-coming-from )。

这之间可能会发生很多事情，具体取决于包“dgof”正在做什么(如果您来自 Python，R 可以让包开发人员做一些非常奇怪的事情)。

您是否尝试过依赖 R 的调度和函数重载机制？加载R包dgof后，调用ks.test而不指定命名空间。

dgof = rpackages.importr('dgof')
import rpy2.robjects
# "generic" function ks.test
ks_test = rpy2.robjects.r('ks.test')
# Use it
ks_test(a, b)