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我得到了几(15)个数据框。它们包含基于一张 map 的值,但它们具有碎片形式。
样本列表看起来像A1 - 3k 记录,A2 - 6k 记录。 B1 - 12k 条记录,B2 - 1k 条记录,B3 - 3k 条记录。 C1...
等
所有文件都具有相同的格式,看起来:
name sample position position_ID
String1 String1 num1 num1
String2 String2 num2 num2
...
所有文件均来自各种生物微阵列。不同的公司有不同的矩阵,因此文件大小分散。但它们中的每一个都基于一个通用的完整数据库。仅选择主数据库中的部分数据。因此,各个记录可以在文件之间重复。我想看看它们是否兼容。
我想在这项任务中实现什么目标?
我想检查所有文件中的所有记录在 name
方面是否相同,具有相同的位置和 pos_ID 值。如果任何文件中的同名测试记录的值不同,则必须将其写入error.csv。如果到处都一样 - result.csv。
说实话,我不知道如何咬它,所以我被引导到这里,并暗示有人正在向我提供很好的建议。我想用 python 来做。我有两个想法。
读取文件
打开单独的所有文件,并将唯一的行添加到新列表中,当读取函数再次遇到相同的记录名称时,它会与之前的记录进行检查。如果其余所有值都相同,则不写入而通过,如果否,记录将写入 error.csv
中。但是,我担心这些可能不是最好的方法,因此向您寻求建议并指导我更好的方法?我读过有关 numpy 的内容,我还没有研究它,但也许在这个任务的背景下值得吗?也许已经为此创建了一个函数,但我不知道?
有人可以提供更明智(也许更简单)的解决方案吗?
最佳答案
我想我大概知道你要去哪里了。这就是我的处理方法
import pandas as pd
df1 = pd.read_csv("file1.csv")
df2 = pd.read_csv("file2.csv")
df1["filename"] ="file1.csv"
df2["filename"] ="file2.csv"
df_total = pd.concat([df1,df2],axis=1) # stacks them vertically
df_total_no_dupes = df_total.drop_duplicates() # drops duplicate rows
# this gives you the cases where id occures more than once
name_counts = df_total_no_dupes.groupby("name").size().reset_index(name='counts')
names_which_appear_more_than_once = name_counts[name_counts["counts"] > 1]["name"].unique()
filter_condition = df_total_no_dupes["name"].isin(names_which_appear_more_than_once)
# this should be your dataframe where there are at least two rows with same name but different values.
print(df_total_no_dupes[filter_condition].sort_values("name"))
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