python - 如何制作大型二维散点图的等高线/密度图

Question

我的散点图过于拥挤，我正在尝试创建等高线图或密度图，以查看数据中是否存在任何不同的群体。我尝试了以下代码，但收到错误:

too many values to unpack (expected 2)

我的代码是:

x = CDM_300[:,[1]]
y = CDM_300[:,[2]]

# Evaluate a gaussian kde on a regular grid of nbins x nbins over data extents
nbins=300
k = kde.gaussian_kde([x,y])
xi, yi = np.mgrid[x.min():x.max():nbins*1j, y.min():y.max():nbins*1j]
zi = k(np.vstack([xi.flatten(), yi.flatten()]))

# Make the plot
plt.pcolormesh(xi, yi, zi.reshape(xi.shape))
plt.show()

# Change color palette
plt.pcolormesh(xi, yi, zi.reshape(xi.shape), cmap=plt.cm.Greens_r)
plt.show()

CDM_300 是一个 (23800, 3) 数组，如果我尝试 np.meshgrid 数据，我的笔记本电脑就会崩溃。

Answer 1

问题似乎是由您对数据建立索引的方式引起的。当您执行 [:, [1]] 时，数据的形状变为 (23800, 1) 并且每个元素本身就是一个数组。

使用以下索引，不在第二个索引周围添加额外的[]。

x = CDM_300[:, 1]
y = CDM_300[:, 2]