- android - 多次调用 OnPrimaryClipChangedListener
- android - 无法更新 RecyclerView 中的 TextView 字段
- android.database.CursorIndexOutOfBoundsException : Index 0 requested, 光标大小为 0
- android - 使用 AppCompat 时,我们是否需要明确指定其 UI 组件(Spinner、EditText)颜色
我有一个 Python 脚本(从 IPython Notebook 转换而来),其中包含
def train_mod_inR():
get_ipython().magic(u'R -i myinput')
get_ipython().magic(u'R -o res res <- Rfunction(myinput)')
return res
我试图使用 Python 运行脚本而不使用任何魔法,所以我使用 rpy2。有谁知道有什么简单的方法来翻译上面的函数,使其仅适用于标准 rpy2.例如,是:
def train_mod_inR()
r2py.robjects('-i myinput')
r2py.robjects('-o res res <- Rfunction(myinput)')
return res
事实上,有没有人对此有一个好的解决方法?我有一种感觉,这将需要比我所展示的更多的内容 - r2py 中是否有直接的命令可以让我们像魔术命令一样解释 R?
最佳答案
你已经很接近了。
对魔法中发生的事情的准确翻译是(注意:定义的对象“converter”是分解正在发生的情况的下一个代码块,暂时假设它只是一个 rpy2 转换器):
from rpy2.robjects.conversion import localconverter
# Take the Python object known as "myinput", pass it to R
# (going through the rpy2 conversion layer), and make it known to R
# as "myinput".
with localconverter(converter) as cv:
r2py.robjects.globalenv['myinput'] = myinput
# Run the R function known (to R) as "Rfunction", using the object known
# to R as "myinput" as the argument. Make the resulting object known to
# as "res".
r2py.robjects('res <- Rfunction(myinput)')
# Take the R objects "res", pass it to Python (going through the rpy2
# conversion layer), and make it known to Python as "res".
with localconverter(converter) as cv:
res = r2py.robjects.globalenv['res']
可以在 R magic ( https://rpy2.github.io/doc/v3.1.x/html/interactive.html#module-rpy2.ipython.rmagic ) 中自定义转换,但假设您使用的是当前默认值(测试是 numpy
还是 pandas
已安装留给读者作为练习):
from rpy2.robjects.conversion import Converter
converter = Converter('ipython conversion')
if has_numpy:
from rpy2.robjects import numpy2ri
converter += numpy2ri.converter
if has_pandas:
from rpy2.robjects import pandas2ri
converter += pandas2ri.converter
请注意,转换可能是一个昂贵的步骤(例如,对于字符串数组,R 和 Python 之间没有 C 级映射,因此必须通过循环复制它们),并且取决于 R 结果的使用方式在代码的其他地方,您可能想要进行更简单的转换(或不进行转换)。
现在,人们想要准确地复制 jupyter 中“R magic”单元中发生的情况。核心部分是cell的执行,即字符串的求值:
r2py.robjects('res <- Rfunction(myinput)')
该字符串的计算可以逐步或一次性转移到 Python。在这种情况下,只有后者是可能的,因为只有一个函数调用。 R 称为“Rfunction”的函数可以映射到可调用的 Python 对象:
rfunction = r2py.robjects('Rfunction')
如果您只对 Python 中的 res
感兴趣,则可以在 R 的 globalenv
中创建符号 myinput
和 res
code> 可能不再需要,整个可以缩短为:
with localconverter(converter) as cv:
res = rfunction(myinput)
关于python - 从 get_ipython().magic(u'R ...') 转换为简单的 r2py 命令,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/57877575/
我正在处理一组标记为 160 个组的 173k 点。我想通过合并最接近的(到 9 或 10 个组)来减少组/集群的数量。我搜索过 sklearn 或类似的库,但没有成功。 我猜它只是通过 knn 聚类
我有一个扁平数字列表,这些数字逻辑上以 3 为一组,其中每个三元组是 (number, __ignored, flag[0 or 1]),例如: [7,56,1, 8,0,0, 2,0,0, 6,1,
我正在使用 pipenv 来管理我的包。我想编写一个 python 脚本来调用另一个使用不同虚拟环境(VE)的 python 脚本。 如何运行使用 VE1 的 python 脚本 1 并调用另一个 p
假设我有一个文件 script.py 位于 path = "foo/bar/script.py"。我正在寻找一种在 Python 中通过函数 execute_script() 从我的主要 Python
这听起来像是谜语或笑话,但实际上我还没有找到这个问题的答案。 问题到底是什么? 我想运行 2 个脚本。在第一个脚本中,我调用另一个脚本,但我希望它们继续并行,而不是在两个单独的线程中。主要是我不希望第
我有一个带有 python 2.5.5 的软件。我想发送一个命令,该命令将在 python 2.7.5 中启动一个脚本,然后继续执行该脚本。 我试过用 #!python2.7.5 和http://re
我在 python 命令行(使用 python 2.7)中,并尝试运行 Python 脚本。我的操作系统是 Windows 7。我已将我的目录设置为包含我所有脚本的文件夹,使用: os.chdir("
剧透:部分解决(见最后)。 以下是使用 Python 嵌入的代码示例: #include int main(int argc, char** argv) { Py_SetPythonHome
假设我有以下列表,对应于及时的股票价格: prices = [1, 3, 7, 10, 9, 8, 5, 3, 6, 8, 12, 9, 6, 10, 13, 8, 4, 11] 我想确定以下总体上最
所以我试图在选择某个单选按钮时更改此框架的背景。 我的框架位于一个类中,并且单选按钮的功能位于该类之外。 (这样我就可以在所有其他框架上调用它们。) 问题是每当我选择单选按钮时都会出现以下错误: co
我正在尝试将字符串与 python 中的正则表达式进行比较,如下所示, #!/usr/bin/env python3 import re str1 = "Expecting property name
考虑以下原型(prototype) Boost.Python 模块,该模块从单独的 C++ 头文件中引入类“D”。 /* file: a/b.cpp */ BOOST_PYTHON_MODULE(c)
如何编写一个程序来“识别函数调用的行号?” python 检查模块提供了定位行号的选项,但是, def di(): return inspect.currentframe().f_back.f_l
我已经使用 macports 安装了 Python 2.7,并且由于我的 $PATH 变量,这就是我输入 $ python 时得到的变量。然而,virtualenv 默认使用 Python 2.6,除
我只想问如何加快 python 上的 re.search 速度。 我有一个很长的字符串行,长度为 176861(即带有一些符号的字母数字字符),我使用此函数测试了该行以进行研究: def getExe
list1= [u'%app%%General%%Council%', u'%people%', u'%people%%Regional%%Council%%Mandate%', u'%ppp%%Ge
这个问题在这里已经有了答案: Is it Pythonic to use list comprehensions for just side effects? (7 个答案) 关闭 4 个月前。 告
我想用 Python 将两个列表组合成一个列表,方法如下: a = [1,1,1,2,2,2,3,3,3,3] b= ["Sun", "is", "bright", "June","and" ,"Ju
我正在运行带有最新 Boost 发行版 (1.55.0) 的 Mac OS X 10.8.4 (Darwin 12.4.0)。我正在按照说明 here构建包含在我的发行版中的教程 Boost-Pyth
学习 Python,我正在尝试制作一个没有任何第 3 方库的网络抓取工具,这样过程对我来说并没有简化,而且我知道我在做什么。我浏览了一些在线资源,但所有这些都让我对某些事情感到困惑。 html 看起来
我是一名优秀的程序员,十分优秀!