python - Entrez eFetch 入藏号

Question

我们目前正在开展一个项目，需要从 ClinVar 访问“NP_”登录号。然而，当我们使用 Entrez.eFetch( ) 函数时，结果中似乎缺少此信息。以下是列出 NP_ 编号的网站页面的链接:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/558834/

下面是获取 XML 结果的 Python 示例脚本代码:

handle = Entrez.efetch(db="clinvar", id=558834, rettype='variation', retmode="text")
print(handle.read())

有趣的是，这用于返回结果中的 NP 编号，但是，网站格式/风格似乎与我们上次开发 Python 脚本时相比发生了变化，我们似乎无法弄清楚现在如何检索 NP 号码。

任何帮助将不胜感激!感谢您的时间和投入!

Answer 1

您需要将其格式化为 new query不是old one :

handle = Entrez.efetch(db="clinvar", id=558834, rettype='vcv', is_varationid="true", from_esearch="true")
print(handle.read())

另请参阅:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/docs/maintenance_use/