python - Conda删除卸载的软件包比预期多

Question

简化的 MWE => 假设我有 Anaconda 并执行以下操作:

conda create -n demo python=3.6
conda activate demo
conda install seaborn

最后一个命令安装 39 个新软件包，包括 seaborn、matplotlib 和 pandas。现在假设时间过去了，我继续设置环境并希望显式安装 matplotlib 和 pandas:

conda install matplotlib pandas

这告诉我“所有请求的软件包都已安装”，这没关系。但是现在，如果我决定不再需要 seaborn 并将其删除，

conda remove seaborn

这会删除安装 seaborn 时安装的所有 39 个软件包，包括 matplotlib 和 pandas，这是我在之后明确安装的!如何避免这个问题？

我的预期行为是 conda remove seaborn 删除 seaborn 及其所有依赖项，但不删除任何包(或依赖项)其中)在 seaborn 之前或之后显式安装。有些人可能会说只需卸载 seaborn 和所有 39 个软件包，然后手动重新安装 matplotlib 和 pandas 即可。这在微不足道的情况下有效，但是一旦有例如25 个具有复杂相互依赖关系的包，这变得非常复杂，并且至少维护起来非常麻烦。

作为一个具体示例，如何构建一个完整的 Anaconda 环境，减去特定的包以及依赖于它的包？我尝试过:

conda create -n test python=3.6 anaconda
conda remove libtiff  # I want this to strictly only remove libtiff and its recursive dependents, but obviously this is not what happens

但是第二行基本上删除了整个环境中的每个包，因为它删除了 anaconda。有什么想法吗？

Answer 1

解决方法

我想不出一种自动化的方法来做到这一点，但如果你绝对必须实现这一点，那么一种巧妙的方法是:

1. 仅删除您想要的包:

   conda remove --force libtiff
   

2. 触发一致性检查以获取现已损坏的包的列表:

   conda install -d python
   

3. 如果有包，则迭代(即通过步骤 1 删除它们)；否则，你就完成了。

实际上，您还没有完成，因为现在每次您尝试更改环境时，每个不依赖于显式规范的包都会被建议删除。下一步可能是:

导出生成的环境:

conda env export -n my_env > env.yaml

重新创建环境:

conda env remove -n my_env
conda env create -n my_env -f env.yaml

现在所有的软件包都将是明确的规范，这也不一定是一件好事，但至少确保它们不会在以后的更新中被删除。

评论

就我个人而言，我认为这是一个坏主意，并且没有真正看到其动机。我认为最好从您知道需要的包开始，将它们放入 YAML 定义中，然后从中创建环境。