python - 从 Python 脚本重定向 subprocess.run() stderr

Question

上下文:我正在使用 SRA 工具包从 SRA 下载加入品。下载 .sra 文件后，需要使用 vdb-validate accession 来检查其完整性，该命令会将 stderr 输出到终端。我想将此 stderr 捕获到文件中以供稍后处理。

问题:虽然vdb-validate accession &>validation_file.txt工作正常，但将stderr存储在validation_file.txt中并且不向终端打印任何内容；使用 subprocess.run(["vdb-validate", accession, "&>",validation_file]) 从 Python 脚本中使用 subprocess.run() 调用相同的命令后 (accession 和validation_file 是变量) 输出被打印到终端，并且没有任何内容写入文件。

提前致谢。

注意:我在 Linux 服务器上使用 Python 3.6.8

Answer 1

子进程允许您捕获stdout:

>>> subprocess.check_output(["echo", "Hello World!"])
'Hello World!\n'

您也可以使用stderr=subprocess.STDOUT轻松地将stderr重定向到stdout:

>>> subprocess.check_output(
...     "ls non_existent_file; exit 0",
...     stderr=subprocess.STDOUT,
...     shell=True)
'ls: non_existent_file: No such file or directory\n'