matlab - 来自 CLUSTERGRAM 对象的置换向量 (MATLAB)

Question

我正在使用 CLUSTERGRAM来自生物信息学工具箱(3.7 版)的对象。MATLAB 版本 R2011a。

我想获得 clustergram 的行和列的置换向量，就像我可以用 dendrogram 做的那样功能:

x = magic(10);
>> [~,~,permrows] = dendrogram(linkage(x,'average','euc'))
permrows =
     9    10     6     7     8     1     2     4     5     3
>> [~,~,permcols] = dendrogram(linkage(x','average','euc'))
permcols =
     6     7     8     9     2     1     3     4     5    10

我发现 clustergram 和 dendrogram 的聚类不一样，很可能是由于最优叶序计算(我不想禁用它)。

例如，对于 clustergram 来自:

clustergram(x)

('average' 和 'eucledian' 是 clustergram 的默认方法)

向量(如附图所示)应该是:

permrows = [1 2 4 5 3 10 9 6 7 8];
permcols = [1 2 8 9 6 7 10 5 4 3];

那么，如何以编程方式获取这些向量？有人熟悉这个对象吗？

谁能推荐一个好的替代方案？我知道我可以结合 imagesc 和树状图函数创建一个类似的图形，但簇状图中的叶序比树状图中的叶序要好得多(最佳)。

Answer 1

通过查看文档，我猜想 get(gco,'ColumnLabels') 和 get(gco,'RowLabels')，其中 gco 是 clustergram 对象，应该给你重新排序的标签。请注意，相应的 set 方法以原始顺序接收标签并在内部对它们重新排序。

因此，如果您使用了自定义标签 (set(gco,'RowLabels',originalLabels))

[~,permrows] = ismember(get(gco,'RowLabels'),originalLabels)

应该返回行排列。