python - 为什么 pandas.read_fwf 没有按照指示跳过空行？

Question

我正在读取充满缺失数据的固定宽度格式 ( full source file )，因此 pandas.read_fwf 派上用场。标题后面有一个空行，因此我传递了 skip_blank_lines=True，但这似乎没有效果，因为第一个条目仍然充满 NaN/NaT:

import io
import pandas

s="""USAF   WBAN  STATION NAME                  CTRY ST CALL  LAT     LON      ELEV(M) BEGIN    END

007018 99999 WXPOD 7018                                  +00.000 +000.000 +7018.0 20110309 20130730
007026 99999 WXPOD 7026                    AF            +00.000 +000.000 +7026.0 20120713 20170822
007070 99999 WXPOD 7070                    AF            +00.000 +000.000 +7070.0 20140923 20150926
008260 99999 WXPOD8270                                   +00.000 +000.000 +0000.0 20050101 20100920
008268 99999 WXPOD8278                     AF            +32.950 +065.567 +1156.7 20100519 20120323
008307 99999 WXPOD 8318                    AF            +00.000 +000.000 +8318.0 20100421 20100421
008411 99999 XM20                                                                 20160217 20160217
008414 99999 XM18                                                                 20160216 20160217
008415 99999 XM21                                                                 20160217 20160217
008418 99999 XM24                                                                 20160217 20160217
010000 99999 BOGUS NORWAY                  NO      ENRS                           20010927 20041019
010010 99999 JAN MAYEN(NOR-NAVY)           NO      ENJA  +70.933 -008.667 +0009.0 19310101 20200111
010013 99999 ROST                          NO                                     19861120 19880105
010014 99999 SORSTOKKEN                    NO      ENSO  +59.792 +005.341 +0048.8 19861120 20200110
"""

print(pandas.read_fwf(io.StringIO(s), parse_dates=["BEGIN", "END"],
      skip_blank_lines=True))

结果是:

USAF     WBAN         STATION NAME  ... ELEV(M)      BEGIN        END
0       NaN      NaN                  NaN  ...     NaN        NaT        NaT
1    7018.0  99999.0           WXPOD 7018  ...  7018.0 2011-03-09 2013-07-30
2    7026.0  99999.0           WXPOD 7026  ...  7026.0 2012-07-13 2017-08-22
3    7070.0  99999.0           WXPOD 7070  ...  7070.0 2014-09-23 2015-09-26
4    8260.0  99999.0            WXPOD8270  ...     0.0 2005-01-01 2010-09-20
5    8268.0  99999.0            WXPOD8278  ...  1156.7 2010-05-19 2012-03-23
6    8307.0  99999.0           WXPOD 8318  ...  8318.0 2010-04-21 2010-04-21
7    8411.0  99999.0                 XM20  ...     NaN 2016-02-17 2016-02-17
8    8414.0  99999.0                 XM18  ...     NaN 2016-02-16 2016-02-17
9    8415.0  99999.0                 XM21  ...     NaN 2016-02-17 2016-02-17
10   8418.0  99999.0                 XM24  ...     NaN 2016-02-17 2016-02-17
11  10000.0  99999.0         BOGUS NORWAY  ...     NaN 2001-09-27 2004-10-19
12  10010.0  99999.0  JAN MAYEN(NOR-NAVY)  ...     9.0 1931-01-01 2020-01-11
13  10013.0  99999.0                 ROST  ...     NaN 1986-11-20 1988-01-05
14  10014.0  99999.0           SORSTOKKEN  ...    48.8 1986-11-20 2020-01-10

[15 rows x 11 columns]

第 0 行仍然具有所有列的值。我原以为第 0 行是第一个非空数据行，从 007018 开始。为什么 skip_blank_lines=True 似乎没有效果？我怎样才能告诉 Pandas 跳过空行？我做错了什么吗？

Answer 1

代码中缺少的一个细节是您未能传递宽度参数。

但这还不是全部。另一个问题是不幸的是，read_fwf包含这样一个错误，它忽略 skip_blank_lines 参数。

为了应对它，定义以下类，包含 readline 方法跳过空行:

class LineFilter(io.TextIOBase):
    def __init__(self, iterable):
        self.iterable = iterable

    def readline(self):
        while True:
            line = next(self.iterable).strip()
            if line:
                return line

然后运行:

df = pd.read_fwf(LineFilter(io.StringIO(s)), widths=[7, 6, 30, 8, 6, 8, 9, 8, 9, 9],
    parse_dates=["BEGIN", "END"], na_filter=False)

如您所见，我添加了 na_filter=False 来阻止转换空字符串到 NaN 值。