python - 'reticulate' r-package 导入 python 脚本时出错

Question

我正在尝试使用“reticulate”包导入“mycode.py”。StackOverflow上有很多问题，但没有一个能解决我的问题。

我用两种方法做了，但我得到了完全相同的错误。

1) source_python("/user/mycode.py")

我收到此错误:

Error in py_run_file_impl(file, local, convert) : ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9' not found (required by /user/.conda/envs/myenv/lib/python3.7/site-packages/scipy/sparse/_sparsetools.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so)

2) import_from_path('mycode',path='/user/',convert=TRUE)

我收到此错误:

Error in py_module_import(module, convert = convert) : ImportError: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.9' not found (required by /user/.conda/envs/myenv/lib/python3.7/site-packages/scipy/sparse/_sparsetools.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so)

Answer 1

这可能是由于 Anaconda 附带的 libstdc++.so 版本与您系统上安装的版本之间的兼容性所致。

1. 确认~/anaconda3/lib/中有libstdc++.so.6.0.xx(xx是最新版本的替换，我认为27是最新的):

   ls libstdc++.so.6.0.*

2. 确认~/anaconda3/lib/中有符号链接(symbolic link)libstdc++.so.6:

   ls libstdc++.so.6

3. 删除现有的符号链接(symbolic link)(如果它指向 libstdc++.so 的另一个版本):

   rm ~/anaconda3/lib/libstdc++.so.6

4. 将其重新链接到 libstdc++.so.6.0.xx:

   ln -s libstdc++.so.6.0.xx libstdc++.so.6