python - Docker 中的 R、Python、rpy2 和 drc 包

Question

我正在尝试构建一个 docker 镜像来执行一个 python 进程，该进程从 R 调用(使用 rpy2)包drc。

我正在使用 amazonlinux docker 镜像并使用 drc 我有以下几行通过 conda 安装它:

RUN conda install -c r rpy2=2.9.4 --yes
RUN conda install -c conda-forge r-drc=3.0_1 --yes

通过图像构建，我进入一个正在运行的容器:

docker run -it --entrypoint bash mydockerName

当我通过 R 输入 R 时，它会抛出下一个错误:

Error: package or namespace load failed for 'utils':
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: system(paste(which, shQuote(names[i])), intern = TRUE, ignore.stderr = TRUE)
  error: error in running command
Error: package or namespace load failed for 'stats':
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: system(paste(which, shQuote(names[i])), intern = TRUE, ignore.stderr = TRUE)
  error: error in running command
During startup - Warning messages:
1: package 'utils' in options("defaultPackages") was not found
2: package 'stats' in options("defaultPackages") was not found

过去几天我一直在谷歌搜索，但找不到可能的解决方案......

非常感谢!

泽维

Answer 1

rpy2 项目有可以作为起点的图像。但不使用 conda 。 https://github.com/rpy2/rpy2-docker

如果需要 conda，请查看 jupyter 项目管理的镜像。