matlab - 从乳腺 X 光筛查数字数据库 (DDSM) 获取数据

Question

我正在尝试以可读格式获取 DDSM 数据集。

有没有人有 DDSM 的 heathusf 程序的工作版本，可以在 linux 或 windows 上正常运行？我知道在 http://www.cs.unibo.it/~roffilli/sw.html 有一个适用于 Linux 的 DDSM jpeg 程序的工作版本我编译并测试了它。我使用这里描述的 MATLAB 代码来查看图像。它仅对某些扫描仪正确显示。

如论文中所述 http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/summary?doi=10.1.1.111.3846正确编译后，DDSM 软件将图像数据输出为原始字节流；然后必须根据用于对原始胶片成像的数字转换器模型对这些进行标准化，然后创建一个图像分析软件环境可读的图像文件。有没有人有规范化图像数据的解决方案？

非常感谢任何帮助。谢谢!

程

Answer 1

DDSM图像以.LJPEG格式压缩，在处理前需要先解压。

我已经找到了一种将 DDSM 图像转换为原始图像的方法，但它是一个很长的路要走，而且我没有更好的方法。

• 分步读取 DDSM 数据集图像:

  1. 在 https://github.com/multinormal/ddsm 克隆存储库，其中包含两个可执行文件 [ jpeg.exe 和 ddsmraw2pnm.exe ]。

2- 下载并安装 cygwin .

3- 下载和设置 Matlab pnmreader code .

4- 创建一个文件夹并使其内容如下所示:

• jpeg.exe
• ddsmraw2pnm.exe
• ConvertDDSMImageToRaw.m [ 实现稍后在答案中出现 ]
• cygwin1.dll [ 来自“C:\cygwin”或您安装 cygwin 的其他地方 ]
  

5- ConvertDDSMImageToRaw 函数实现。

function ConvertDDSMImageToRaw(filename, columns, rows, digitizer)
%// ConvertDDSMImageToRaw Convert an image of ddsm database to raw image.
%// -------------------------------------------------------------------------
%// Input:-
%//  o filename : String representing ddsm image file name.
%//  o columns  : Double representing number of columns in the image.
%//  o rows     : Double representing number of rows in the image.
%//  o digitizer: String representing image normalization function name,
%//     which differ from one case to another and have the set of 
%//    values ['dba', 'howtek-mgh', 'howtek-ismd' and 'lumisys' ]
%// -------------------------------------------------------------------------
%// Prepare and execute command of image decompression
commandDecompression = [which('jpeg.exe') ' -d -s ' filename];
dos(commandDecompression);
%// -------------------------------------------------------------------------
%// Prepare and execute command that convert the decompressed image to pnm format.
rawFileName          = [ filename '.1'];
columns              = num2str(columns);
rows                 = num2str(rows);
digitizer            = ['"' digitizer '"'];
commandConversion    =[ which('pnm.exe') ,' ',rawFileName,' ',columns,' ',rows,' ',digitizer];
dos(commandConversion);
%// -------------------------------------------------------------------------
%// Wrtie the image into raw format
pnmFileName          = [rawFileName '-ddsmraw2pnm.pnm'];
image                = pnmread(pnmFileName);
imwrite(image,[filename '.raw']);
end

6- 从 .ics 文件中获取图像信息 [cols,rows,digitizer]:

如果数字化仪是“howtek”，则将其用作“howtek-mgh”，这就是我的想法。

7- 现在使用我们实现的功能转换您的图像，如下所示:

filename  = 'A_1709_1.LEFT_CC.LJPEG';
digitizer = 'howtek-mgh';       
imageSize = [ 5341  2806 ];
ConvertDDSMImageToRaw(filename, imageSize(1) , imageSize(2), digitizer);