Python shell 在读取 (fasta) 文件时卡住

Question

我将首先展示我迄今为止拥有的代码:

def err(em):
    print(em)
    exit

def rF(f):
    s = ""
    try:
        fh = open(f, 'r')
    except IOError:
        e = "Could not open the file: " + f
        err(e)

    try:
        with fh as ff:
            next(ff)
            for l in ff:
                if ">" in l:
                    next(ff)
                else:
                    s += l.replace('\n','').replace('\t','').replace('\r','')
    except:
        e = "Unknown Exception"
        err(e)
    fh.close()
    return s

由于某种原因，每当我尝试通过键入以下内容来读取文件时，python shell(我使用的是 3.2.2)就会卡住:

rF("mycobacterium_bovis.fasta")

rF 函数中的条件是为了防止读取以 ">"标记开头的每一行。这些行不是 DNA/RNA 代码(这是我试图从这些文件中读取的内容)，应该忽略。

我希望任何人都可以帮助我解决这个问题，我没有看到我的错误。

按照惯例，非常感谢!

编辑:*问题仍然存在!*这是我现在使用的代码，我删除了错误处理，无论如何这是一个奇特的补充，每当尝试读取文件时 shell 仍然会卡住。这是我现在的代码:

def rF(f):
    s = ""
      try:
          fh = open(f, 'r')
    except IOError:
        print("Err")

    try:
        with fh as ff:
            next(ff)
            for l in ff:
                if ">" in l:
                    next(ff)
                else:
                    s += l.replace('\n','').replace('\t','').replace('\r','')
    except:
        print("Err")

    fh.close()
    return s

Answer 1

您从未定义过e。
因此，您将得到一个被裸露的 except: 隐藏的 NameError。

这就是为什么指定异常是有益且健康的，例如:

try: 
    print(e)
except NameError as e: 
    print(e)

但是，在像您这样的情况下，当您不一定知道异常(exception)是什么时，您至少应该使用 this method of displaying information about the error :

import sys
try:
    print(e)
except: # catch *all* exceptions
    e = sys.exc_info()[1]
    print(e)

使用您发布的原始代码，将打印以下内容:

name 'e' is not defined

<小时/>

根据更新的信息进行编辑:
如果您有一个大文件，那么连接这样的字符串将会非常慢。
考虑将过滤后的信息写入另一个文件，例如:

def rF(f):
  with open(f,'r') as fin, open('outfile','w') as fou:
    next(fin)
    for l in fin:
      if ">" in l:
        next(fin)
      else:
        fou.write(l.replace('\n','').replace('\t','').replace('\r',''))

我已经测试过上述代码可以在基于此处列出的格式规范的 FASTA 文件上运行:http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format在 linux2 上使用 Python 3.2.2 [GCC 4.6.1]。

一些建议:

• 从小事做起。完成一个简单的工作，然后添加一个步骤。
• 在问题点添加 print() 语句。

此外，请考虑包含有关您尝试解析的文件内容的更多信息。这可能会让我们更容易提供帮助。