python - 如何在 Pymol 中设置 RGB 颜色

Question

请问 Pymol 是否允许用户通过用户定义的值设置原子颜色？例如，我想根据所有原子的生化特征给它们着色， Feather 被认为是RGB值，比如说[R G B]等于[feature1 feature2 feature3]，我怎样才能在 Pymol 中执行此操作？

另外，如果我已经给原子着色了，我可以获得颜色值吗？我尝试使用 cmd.getcolor()，但它返回的值不被识别为 RGB 颜色，是否还有其他颜色我可以调用 Pymol 中的函数来获取原子颜色吗？

Answer 1

请引用pymolwiki页面Color和 Set Color .

首先，使用您的特征定义一组颜色(请记住将特征值标准化为 [0,1] 或 [0, 255]):

set_color mycol1, [feature1R, feature1G, feature1B]
set_color mycol2, [feature2R, feature2G, feature2B]
...

然后您可以使用自定义颜色为原子着色:

# color all alpha Carbons to mycol1:
color mycol1, n. CA
# color all backbone Nitrogens to mycol2:
color mycol1, n. N

要获取原子颜色，请参阅“Getting Atom Colors ”。假设您有一个名为 youratom 的原子，并且您想要获取它的颜色:

atomcolor = []
iterate youratom, atomcolor.append(cmd.get_color_tuple(color))
print atomcolor[0]

atomcolor[0] 是一个 RGB 值范围为 [0,1] 的元组。