python - 通过从文本文件导入残基列表，使用 PyMol 脚本选择蛋白质中的保守残基

Question

我想使用 PyMol 脚本选择蛋白质中的某些高度保守的残基(通过评分机制计算并在文本文件中列出 - 每个残基在一行中)。我正在使用的下面的 PyMol 脚本不起作用。如果有人能帮助我，我将非常感激。

单独运行时，脚本的某些部分工作得非常好 - 当脚本中提到残数时，Pymol 脚本无需从文本文件导入列表，并且仅用于将文件中的数字加载到数组中的 python 脚本也可以工作单独运行时很好。但是，当它像下面的脚本一样组合时，就会出现问题 - 当从文本文件导入列表后需要从数组中获取残数时，就像我一样。任何帮助表示赞赏。谢谢!

#!/usr/bin/python
from pymol import cmd
import string
cmd.load("/home/xyz/proteinA.pdb", 'protein')

f=open('/home/xyz/residuedata.txt','r')
array = []
filecontents = f.read().split()
for val in filecontents:
        array.append(int(val))
f.close()
for i in array:
    cmd.select("residuedata", "resi i")
    cmd.show('sphere', "residuedata")
    cmd.color ('red', "residuedata")

Answer 1

“resi i” 字符串不知道您的 i 变量。

你打算这样做吗？

for i in array:
    cmd.select("residuedata", "resi {}".format(i))