python - 使用 rpy2 和 ggplot2 制作图表

Question

我正在尝试使用 rpy2 将一些图形生成集成到我的 python 管道中。在 R 内部生成的相同 PDF 显然在 rpy2 内部不起作用。这个简单的脚本将创建一个可读的 PDF 文件:

#!/usr/bin/env R
library(ggplot2)
library(datasets)
p = ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) + xlab('Weight (lb/1000)') + ylab('Miles/(US) gallon')
pdf(file='mtcars.pdf')
p + geom_point(aes(colour=factor(cyl)))
dev.off()

虽然等效的 python 代码会生成一个 4 KB 的文件，但任何 PDF 阅读器都无法读取该文件:

#!/usr/bin/env python
from rpy2 import robjects as ro
ro.r("library(ggplot2)")
ro.r("library(datasets)")
ro.r("p = ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) + xlab('Weight (lb/1000)') + ylab('Miles/(US) gallon')")
ro.r("pdf(file='mtcars.pdf')")
ro.r("p + geom_point(aes(colour=factor(cyl)))")
ro.r("dev.off()")

我正在使用:

* Python 2.7.3
* R 2.15.2
* rpy2 2.3.6
* ggplot2 0.9.3.1

有什么想法为什么会发生这种情况吗？非常感谢您的帮助。

Answer 1

Any ideas why this is happening ? Help greatly appreciated.

ggplot 图形从未被绘制。在交互式 R 中，将某些内容返回到控制台将 print() 它(对于 ggplot 对象，它们会被绘制)。您必须显式调用 print()。

您可能还想查看rpy2 documentation for ggplot2 .