- android - 多次调用 OnPrimaryClipChangedListener
- android - 无法更新 RecyclerView 中的 TextView 字段
- android.database.CursorIndexOutOfBoundsException : Index 0 requested, 光标大小为 0
- android - 使用 AppCompat 时,我们是否需要明确指定其 UI 组件(Spinner、EditText)颜色
我对编程和 Python 非常陌生,我正在尝试将 DLPOLY HISTORY 文件转换为 arc 文件。我需要做的是提取晶格向量(单词时间步下的 3x3 数组)、x、y 和 z 坐标(每个元素下方的行上的三个条目)和电荷(行上的第四个条目元素)。
理想情况下,我希望最终能够转换任意大小和帧长度的文件。
DLPOLY HISTORY 文件的两个标题行和前两帧如下所示:
File Title
0 3 5 136 1906
timestep 0 5 0 3 0.000500 0.000000
3.5853000000 0.0000000000 0.0000000000
-1.7926500000 3.1049600000 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 4.8950000000
Ca 1 40.078000 1.050000 0.000000
0.000000000 0.000000000 0.000000000
O 2 15.999400 -0.950000 0.000000
1.792650000 -1.034986100 1.140535000
H 3 1.007940 0.425000 0.000000
1.792650000 -1.034986100 1.933525000
O 4 15.999400 -0.950000 0.000000
-1.792650000 1.034987000 -1.140535000
H 5 1.007940 0.425000 0.000000
-1.792650000 1.034987000 -1.933525000
timestep 10 5 0 3 0.000500 0.005000
3.5853063513 0.0000000000 0.0000000000
-1.7926531756 3.1049655004 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 4.8950086714
Ca 1 40.078000 1.050000 0.020485
-0.1758475885E-01 0.1947928245E-04 -0.1192033544E-01
O 2 15.999400 -0.950000 0.051020
1.841369991 -1.037431082 1.120698646
H 3 1.007940 0.425000 0.416965
1.719029690 -1.029327936 2.355541077
O 4 15.999400 -0.950000 0.045979
-1.795057186 1.034993005 -1.093028694
H 5 1.007940 0.425000 0.373772
-1.754959531 1.067269072 -2.320776528
到目前为止我的代码是:
fileList = history_file.readlines()
number_of_frames = int(fileList[1].split()[3])
number_of_lines = int(fileList[1].split()[4])
frame_length = (number_of_lines - 2) / number_of_frames
number_of_atoms = int(fileList[1].split()[2])
lines_per_atom = frame_length / number_of_atoms
for i in range(3, number_of_lines+1, frame_length):
#maths for converting lattice vectors
#print statement to write out converted lattice vectors
for j in range(i+3, frame_length+1, lines_per_atom):
atom_type = fileList[j].split()[0]
atom_x = fileList[j+1].split()[0]
atom_y = fileList[j+1].split()[1]
atom_z = fileList[j+1].split()[2]
charge = fileList[j].split()[3]
print atom_type, atom_x, atom_y, atom_z, charge
我可以提取并转换晶格向量,所以这不是问题。然而,当谈到第二个 for 循环时,它只执行一次,它认为我的范围结束语句
frame_length+1
不正确,但如果我将其更改为
i+3+frame_length+1
我收到以下错误:
charge = fileList[j].split()[3]
IndexError: list index out of range
我认为这意味着我要越过数组的末尾。
我确信我忽略了一些非常简单的事情,但我们将不胜感激。
我还想知道是否有一种更有效的方法来读取文件,因为据我了解,readlines 将整个文件读取到内存中,并且 HISTORY 文件的大小可以轻松达到几 GB。
最佳答案
好的,我们可以使用您提供的示例值进行相当简单的检查来找到问题。如果我们输入以下代码
for i in range(3,1907,136):
for j in range(i+3,137,2):
print i,j
我们得到这个:
3 6
3 8
3 10
...
3 132
3 134
3 136
这是您遇到的错误。循环似乎只迭代一次。但是,如果我们稍微更改一下代码,我们就会看到问题的根源。如果我们运行
for i in range(3,1907,136):
print "i:", i,
for j in range(i+3,137,2):
print "j:", j
我们得到这个:
i: 3 j: 6
j: 8
j: 10
j: 12
...
j: 134
j: 136
i: 139 i: 275 i: 411 i: 547 i: 683 i: 819 i: 955 i: 1091 i: 1227 i: 1363 i: 1499
i: 1635 i: 1771
因此,您可以看到内部循环(j 循环)第一次运行,一旦完成,外部循环(i 循环)就会一直运行,而不会让内部循环继续运行。这是因为您在内循环上设置了 range
的方式。第一次运行时,其计算结果为 range(3,137,2)
,但第二次运行时,结果为 range(142,137,2)
,因为 i
> 第二次运行时从 139 开始。它在开始之前就已经终止了。
为了得到你想要的(或者我认为你想要的),内循环是这样的:
for j in range(4,frame_length,line_per_atom):
atom_type = fileList[j+i].split()[0]
这使得j
成为每帧中第四行之后的行的迭代器
但我还没弄清楚你的代码是如何工作的。我手工计算了你的示例中的值,只是作为检查。
frame_length = (1906 - 2) / 136 = 14
lines_per_atom = 14 / 5 = 2.8
2.8 的 lines_per_atom
是非法的,它必须是一个整数,我不知道你为什么没有得到 TypeError
。 lines_per_atom 的计算应为 lines_per_atom = (frame_length - 4)/number_of_atoms
无论如何,希望这能奏效!
(另外,以后尝试使用驼峰式大小写作为变量名称,而不是下划线。因此 lines_per_atom
变为 linesPerAtom
,在我看来更容易输入)
关于python - For 循环遍历 Python 中文本文件的重复部分,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/19299003/
我正在处理一组标记为 160 个组的 173k 点。我想通过合并最接近的(到 9 或 10 个组)来减少组/集群的数量。我搜索过 sklearn 或类似的库,但没有成功。 我猜它只是通过 knn 聚类
我有一个扁平数字列表,这些数字逻辑上以 3 为一组,其中每个三元组是 (number, __ignored, flag[0 or 1]),例如: [7,56,1, 8,0,0, 2,0,0, 6,1,
我正在使用 pipenv 来管理我的包。我想编写一个 python 脚本来调用另一个使用不同虚拟环境(VE)的 python 脚本。 如何运行使用 VE1 的 python 脚本 1 并调用另一个 p
假设我有一个文件 script.py 位于 path = "foo/bar/script.py"。我正在寻找一种在 Python 中通过函数 execute_script() 从我的主要 Python
这听起来像是谜语或笑话,但实际上我还没有找到这个问题的答案。 问题到底是什么? 我想运行 2 个脚本。在第一个脚本中,我调用另一个脚本,但我希望它们继续并行,而不是在两个单独的线程中。主要是我不希望第
我有一个带有 python 2.5.5 的软件。我想发送一个命令,该命令将在 python 2.7.5 中启动一个脚本,然后继续执行该脚本。 我试过用 #!python2.7.5 和http://re
我在 python 命令行(使用 python 2.7)中,并尝试运行 Python 脚本。我的操作系统是 Windows 7。我已将我的目录设置为包含我所有脚本的文件夹,使用: os.chdir("
剧透:部分解决(见最后)。 以下是使用 Python 嵌入的代码示例: #include int main(int argc, char** argv) { Py_SetPythonHome
假设我有以下列表,对应于及时的股票价格: prices = [1, 3, 7, 10, 9, 8, 5, 3, 6, 8, 12, 9, 6, 10, 13, 8, 4, 11] 我想确定以下总体上最
所以我试图在选择某个单选按钮时更改此框架的背景。 我的框架位于一个类中,并且单选按钮的功能位于该类之外。 (这样我就可以在所有其他框架上调用它们。) 问题是每当我选择单选按钮时都会出现以下错误: co
我正在尝试将字符串与 python 中的正则表达式进行比较,如下所示, #!/usr/bin/env python3 import re str1 = "Expecting property name
考虑以下原型(prototype) Boost.Python 模块,该模块从单独的 C++ 头文件中引入类“D”。 /* file: a/b.cpp */ BOOST_PYTHON_MODULE(c)
如何编写一个程序来“识别函数调用的行号?” python 检查模块提供了定位行号的选项,但是, def di(): return inspect.currentframe().f_back.f_l
我已经使用 macports 安装了 Python 2.7,并且由于我的 $PATH 变量,这就是我输入 $ python 时得到的变量。然而,virtualenv 默认使用 Python 2.6,除
我只想问如何加快 python 上的 re.search 速度。 我有一个很长的字符串行,长度为 176861(即带有一些符号的字母数字字符),我使用此函数测试了该行以进行研究: def getExe
list1= [u'%app%%General%%Council%', u'%people%', u'%people%%Regional%%Council%%Mandate%', u'%ppp%%Ge
这个问题在这里已经有了答案: Is it Pythonic to use list comprehensions for just side effects? (7 个答案) 关闭 4 个月前。 告
我想用 Python 将两个列表组合成一个列表,方法如下: a = [1,1,1,2,2,2,3,3,3,3] b= ["Sun", "is", "bright", "June","and" ,"Ju
我正在运行带有最新 Boost 发行版 (1.55.0) 的 Mac OS X 10.8.4 (Darwin 12.4.0)。我正在按照说明 here构建包含在我的发行版中的教程 Boost-Pyth
学习 Python,我正在尝试制作一个没有任何第 3 方库的网络抓取工具,这样过程对我来说并没有简化,而且我知道我在做什么。我浏览了一些在线资源,但所有这些都让我对某些事情感到困惑。 html 看起来
我是一名优秀的程序员,十分优秀!