Python 脚本使用一个文件中的坐标并添加另一文件中匹配坐标的值

Question

我在制表符分隔的床文件中有一组原始的基因组坐标(色度、开始、结束)。我还有其他制表符分隔的床文件，其中包含一些原始基因组坐标以及与每个坐标相关的数值。这些坐标可以在床文件中多次显示，每次都有不同的数值。我需要一个最终的床文件，其中包含每个原始基因组坐标以及与该特定坐标相关的所有值的总和。我正在使用的文件示例如下。

原始文件:

chr1    2100    2300

chr2    3300    3600

chr1    2560    2800

其他床文件:

chr1    2100    2300    6

chr2    3300    3600    56

chr1    2100    2300    10

所需的输出文件:

chr1    2100    2300    16

chr2    3300    3600    56

chr1    2560    2800    0

我需要编写一个 python 脚本来执行此操作，但我不太确定最好的方法是什么。

Answer 1

这是 Pandas 使事情变得非常简单的事情之一:

import pandas
coordnames = ['Name', 'x', 'y']
f1 = pandas.read_table('file1', delimiter=r' +', 
                       names=coordnames).dropna()
f2 = pandas.read_table('file2', delimiter=r' +', 
                       names=coordnames + ['n']).dropna()
result = (f1.merge(f2, on=coordnames, how='left')
          .groupby(coordnames).sum().fillna(0))