python - 在 python 中，使用 os.system 调用模块，然后基于该模块调用 python 模块

Question

我目前正在编写一个Python脚本。

这里的最终目标只是导入 pysam。但是，为了做到这一点，我首先导入一套称为 Galaxy 的工具，其中 pysam 就是其中之一。

如果我在命令行上先加载galaxy，然后进入python交互shell，然后导入pysam，则导入成功。

但是，我的脚本是这样的:

#!/usr/bin/env python

import subprocess

subprocess.call("module load galaxy/galaxy", shell=True)
subprocess.call("module load ngs-ccts/tabix/0.2.6", shell=True)
import pysam

caddfile=pysam.Tabixfile( "/scratch/share/public_datasets/ngs/databases/CADD/v1.0/whole_genome_SNVs_inclAnno.tsv.gz" )
for gtf in caddfile.fetch(1, 100000, 200000):
    print(gtf)

对我来说，这似乎概括了我在交互式 shell 中所做的事情，它是有效的。

但是，脚本出错并返回:

Traceback (most recent call last):
  File "pysampracticer.py", line 7, in ?
    import pysam
ImportError: No module named pysam

为什么脚本无法导入它，而同一系列的命令可以在命令行上运行，然后在 python 交互式 shell 上运行，我应该如何处理这个问题以概括在交互式 shell 上获得的结果？

Answer 1

subprocess.call("module load galaxy/galaxy", shell=True)
subprocess.call("module load ngs-ccts/tabix/0.2.6", shell=True)

加载子进程中的模块。不影响当前进程。

不仅如此，这两个调用创建了两个独立的子流程。在第一个子过程中，加载了 galaxy/galaxy 模块，但未加载 ngs-ccts/tabix/0.2.6 模块。在第二个子进程中，加载了 ngs-ccts/tabix/0.2.6，但未加载 galaxy/galaxy 模块。