python - 使用 igraph 投影二分网络有困难

Question

我在投影玩具二分网络时遇到困难。

from igraph import *
def create_bipartite(n1, n2, directed=False):
    g = Graph(n1+n2, directed=True)
    g.vs["type"] = 0
    g.vs[n2:]["type"] = 1
    return g
gb=create_bipartite(4,3)
gb.add_edges([(0,1),(0,2),(3,4),(0,4),(0,5),(3,6)])



> In [358]: gb.is_bipartite()
Out[358]: True

In [359]: gb.bipartite_projection()
---------------------------------------------------------------------------
InternalError                             Traceback (most recent call last)
<ipython-input-359-a7b9927dc7bb> in <module>()
----> 1 gb.bipartite_projection()

/usr/lib/python2.7/dist-packages/igraph/__init__.pyc in bipartite_projection(self, types, multiplicity, *args, **kwds)
   2530         superclass_meth = super(Graph, self).bipartite_projection
   2531         if multiplicity:
-> 2532             g1, g2, w1, w2 = superclass_meth(types, True, *args, **kwds)
   2533             g1.es["weight"] = w1
   2534             g2.es["weight"] = w2

InternalError: Error at structure_generators.c:84: Invalid (negative) vertex id, Invalid vertex id

In [360]: 

我得到的错误是尝试投影到任一节点:这意味着什么？负顶点？有什么想法可以解决这个问题吗？

Answer 1

较新版本的 igraph 提供了更丰富的错误消息(实际上，我不确定此更改是否已经发布 - 我生活在最前沿):

InternalError: Error at ../../src/bipartite.c:198: Non-bipartite edge found in
bipartite projection, Invalid value

(此时您可能会感到惊讶为什么 g.is_bipartite() 返回 True - 原因是 g.is_bipartite()仅检查图是否具有名为 type 的顶点属性)。

问题是你的类型向量看起来像这样:

>>> gb.vs["type"]
[0, 0, 0, 1, 1, 1, 1]

由于顶点 3 和 4 之间有一条边(这两个顶点都是类型 1)，因此该图不是二分图。我强烈怀疑实际的错误是在 create_bipartite 中，您想在其中编写以下内容:

g.vs[n1:]["type"] = 1

而不是这个:

g.vs[n2:]["type"] = 1