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python - 使用 HDF5 和 MPI 使用 1 个进程从 Python 写入/读取大文件

转载作者：太空宇宙更新时间：2023-11-03 17:59:23

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当通过 h5py 和 mpi4py 使用并行 HDF5 将大型数据集写入文件时(也很可能直接从 C 使用 HDF5 和 MPI 时)，如果在单个进程中使用 mpio 驱动程序，我会收到以下错误:

OSError: Can't prepare for writing data (Can't convert from size to size_i)

似乎允许的数据集的限制是 4GB，至少当内容是双数组时。如果使用更多进程来分担工作负载，或者在没有 mpio 驱动程序的单个 CPU 上完成，则较大的数据集可以正常工作。

这是为什么呢？ size 和 size_i 是指针类型，前者不能容纳大于 4GB double[] 对应的地址吗？这个错误最终对我来说可能不会是一个严重的问题，因为我通常会使用多个进程，但我希望我的代码即使只使用一个进程也能工作。

最佳答案

我最近遇到了同样的问题，经过挖掘，我发现了这一点:

https://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.8.1/src/unpacked/src/H5FDmpio.c

您将在其中看到引发错误的位置。简而言之，当数组大小(以字节为单位)大于 2GB 时就会出现错误。

进一步挖掘后，我发现这里: https://www.hdfgroup.org/hdf5-quest.html#p2gb

描述问题和解决方法的地方。

请看一下。

关于python - 使用 HDF5 和 MPI 使用 1 个进程从 Python 写入/读取大文件，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/27984813/

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