python - 如何将文件中具有相同值的所有行保存到文件中-6ren

python - 如何将文件中具有相同值的所有行保存到文件中

转载作者：太空宇宙更新时间：2023-11-03 17:55:16

我编写了一个Python脚本，该脚本从CIF文件生成字典。我用这样的文件[1qpe，使用4105行->时间：383ms（毫秒）]或使用了这个文件（1d66，使用3274行->时间：225ms）进行了测试，但是当我尝试使用该文件时（4tvx，具有170925行），花费很长时间，以至于我决心阻止该过程。我当时想拆分CIF文件，从中推断出以ATOM和HETATM开头的行：

实际上，从每个原始CIF文件开始，目的是首先获取4个文件：

包含我称为header的文件=以ATOM和HETATM开头的行循环上方的所有行
一个仅包含循环的26行的文件
包含以ATOM和HETATM开头的所有行的文件
包含所有其余行的文件，我称之为页脚

到这里我解决了，对于1d66用34毫秒，对于1qpe用43毫秒，对于4tvx用1.923s。
现在，获得了第三个文件（所有过程的目标，因为是字典的输入），我想从中推断出具有相同第七列的所有行，并将它们写到一个专用文件中，并用将第7列作为文件名，对第7列的所有值重复此操作。

这是我的代码：

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

import sys, os
import os.path
scriptdir = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))
cif_dir = os.path.join(scriptdir, 'cif/')

def get_line_number(phrase, file_name):
    with open(file_name) as f:
        for i, line in enumerate(f, 1):
            if phrase in line:
                return i

def my_header_splitfile(infilepath, chunksize):
    fname, ext = infilepath.rsplit('.',1)
    with open(infilepath) as infile:
        outfilepath = "{}_header.{}".format(fname, ext)
        with open(outfilepath, 'w') as outfile:
            for line in (infile.readline() for _ in range(0,(chunksize-2))):
                outfile.write(line) # END
    temp_lines = open(infilepath).readlines()
    temp_outfilepath = "{}_temp.{}".format(fname, ext)
    atom_hetatm_header_outfilepath = "{}_atom_hetatm_header.{}".format(fname, ext)
    with open(atom_hetatm_header_outfilepath, 'w') as outfile:
        outfile.writelines(temp_lines[(chunksize-2):(chunksize+25)])
    with open(temp_outfilepath, 'w') as outfile:
        outfile.writelines(temp_lines[(chunksize+25):-1]) # END
    footer_lines = open(temp_outfilepath).readlines()
    footer_outfilepath = "{}_footer.{}".format(fname, ext)
    with open(footer_outfilepath, 'w') as outfile:
        for line in footer_lines:
            if not (line.startswith('ATOM') or line.startswith('HETATM')):
                outfile.writelines(line) # END
    temp_atom_hetatm_lines = open(temp_outfilepath).readlines()
    temp_atom_hetatm_outfilepath = "{}_atom_hetatm.{}".format(fname, ext)
    with open(temp_atom_hetatm_outfilepath, 'w') as outfile:
        for line in temp_atom_hetatm_lines:
            if (line.startswith('ATOM') or line.startswith('HETATM')):
                outfile.writelines(line) # END
    os.remove(temp_outfilepath) # FINISH
    """BEGIN TO SPLIT THE 'ATOM'"""
    """
    with open(temp_atom_hetatm_outfilepath,'r') as infile:
        lines = infile.readlines()

        rows_list = list()
        chains_list = list()
        for line in lines:
            col = line.split(None)
            rows_list.append(col)
            #print line
            #if col[0] == "HETATM":
            #   print "HETATM record"
            if col[0] == "ATOM":
                #print col[0]
                # FILTER FOR ONLY PROTEINS AND NUCLEIC ACIDS
                if (col[3] == "N" or col[3] == "N1"):
                    chains_list.append(col[6])
                    chains_list_cleaned = list(set(chains_list))
                    for chain in chains_list_cleaned:
                        if col[6] == chain:
                            atom_chain_outfilepath = "{}_atom_chain_{}.{}".format(fname, chain, ext)
                            with open(atom_chain_outfilepath, 'w') as outfile:
                                #outfile.writelines("Hello")
                                outfile.writelines(line) # END
    """

cif_code = '1d66'.upper() # CHANGE HERE THE PID CODE. i.e. 1D66, 1QPE, 4TVX

filename = '%s%s.cif' % (cif_dir,cif_code.upper())

begin_atom = get_line_number("_atom_site.group_PDB", filename)
#print begin_atom
my_header_splitfile(filename, begin_atom)

如果取消注释最后几行：

""" with open(temp_atom_hetatm_outfilepath,'r') as infile:
        lines = infile.readlines()

        rows_list = list()
        chains_list = list()
        for line in lines:
            col = line.split(None)
            rows_list.append(col)
            #print line
            #if col[0] == "HETATM":
            #   print "HETATM record"
            if col[0] == "ATOM":
                #print col[0]
                # LIMITO ALLE SOLE PROTEINE E ACIDI NUCLEICI
                if (col[3] == "N" or col[3] == "N1"):
                    chains_list.append(col[6])
                    chains_list_cleaned = list(set(chains_list))
                    for chain in chains_list_cleaned:
                        if col[6] == chain:
                            atom_chain_outfilepath = "{}_atom_chain_{}.{}".format(fname, chain, ext)
                            with open(atom_chain_outfilepath, 'w') as outfile:
                                #outfile.writelines("Hello")
                                outfile.writelines(line) # END
"""

您会看到我可以为每个链保存一个文件（例如，在生成的“ 1d66_atom_hetatm.cif”文件中的第七列），但是在每个文件中只写入一行，而不是该链的所有行（第七列））。如何实现呢？

谢谢，

里卡多

编辑1：
您只需更改带有下载的cif文件的第72行就可以对其进行测试！

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编辑2：
这是生成的“ 1D66_atom_hetatm.cif”中内容的示例：

ATOM   378  C  C8    . DG  A 1 19 ? 34.329 11.346 27.800 1.00 29.46 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D C8    1 
ATOM   379  N  N7    . DG  A 1 19 ? 34.046 11.420 26.537 1.00 31.63 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D N7    1 
ATOM   380  C  C5    . DG  A 1 19 ? 32.698 11.672 26.542 1.00 26.85 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D C5    1 
ATOM   381  C  C6    . DG  A 1 19 ? 31.860 11.863 25.447 1.00 26.53 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D C6    1 
ATOM   382  O  O6    . DG  A 1 19 ? 32.175 11.864 24.251 1.00 32.03 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D O6    1 
ATOM   383  N  N1    . DG  A 1 19 ? 30.569 12.079 25.868 1.00 23.18 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D N1    1 
ATOM   384  C  C2    . DG  A 1 19 ? 30.136 12.115 27.159 1.00 23.53 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D C2    1 
ATOM   385  N  N2    . DG  A 1 19 ? 28.819 12.261 27.325 1.00 19.29 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D N2    1 
ATOM   386  N  N3    . DG  A 1 19 ? 30.949 11.949 28.200 1.00 26.27 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D N3    1 
ATOM   387  C  C4    . DG  A 1 19 ? 32.213 11.729 27.819 1.00 25.75 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D C4    1 
ATOM   388  O  "O5'" . DC  B 2 1  ? 20.466 11.694 21.639 1.00 40.14 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "O5'" 1 
ATOM   389  C  "C5'" . DC  B 2 1  ? 21.891 11.609 21.791 1.00 29.52 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "C5'" 1 
ATOM   390  C  "C4'" . DC  B 2 1  ? 22.246 11.659 23.274 1.00 28.85 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "C4'" 1 
ATOM   391  O  "O4'" . DC  B 2 1  ? 23.643 11.328 23.562 1.00 27.78 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "O4'" 1 
ATOM   392  C  "C3'" . DC  B 2 1  ? 22.093 13.078 23.713 1.00 26.83 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "C3'" 1 
ATOM   393  O  "O3'" . DC  B 2 1  ? 21.761 13.021 25.064 1.00 26.10 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "O3'" 1 
ATOM   394  C  "C2'" . DC  B 2 1  ? 23.541 13.575 23.586 1.00 27.66 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "C2'" 1 
ATOM   395  C  "C1'" . DC  B 2 1  ? 24.295 12.435 24.176 1.00 21.82 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "C1'" 1

我想将所有在第七列（从0开始）中带有A的行保存在1d66_A.txt文件中，并将所有在第七列中带有B的行保存在1d66_B.txt文件中，以此类推。从脚本生成的文件的第七列。

最终输出应为：

文件1D66_A.txt：

ATOM   378  C  C8    . DG  A 1 19 ? 34.329 11.346 27.800 1.00 29.46 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D C8    1 
ATOM   379  N  N7    . DG  A 1 19 ? 34.046 11.420 26.537 1.00 31.63 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D N7    1 
ATOM   380  C  C5    . DG  A 1 19 ? 32.698 11.672 26.542 1.00 26.85 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D C5    1 
ATOM   381  C  C6    . DG  A 1 19 ? 31.860 11.863 25.447 1.00 26.53 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D C6    1 
ATOM   382  O  O6    . DG  A 1 19 ? 32.175 11.864 24.251 1.00 32.03 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D O6    1 
ATOM   383  N  N1    . DG  A 1 19 ? 30.569 12.079 25.868 1.00 23.18 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D N1    1 
ATOM   384  C  C2    . DG  A 1 19 ? 30.136 12.115 27.159 1.00 23.53 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D C2    1 
ATOM   385  N  N2    . DG  A 1 19 ? 28.819 12.261 27.325 1.00 19.29 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D N2    1 
ATOM   386  N  N3    . DG  A 1 19 ? 30.949 11.949 28.200 1.00 26.27 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D N3    1 
ATOM   387  C  C4    . DG  A 1 19 ? 32.213 11.729 27.819 1.00 25.75 ? ? ? ? ? ? 19  DG  D C4    1

文件1D66_B.txt：

ATOM   388  O  "O5'" . DC  B 2 1  ? 20.466 11.694 21.639 1.00 40.14 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "O5'" 1 
ATOM   389  C  "C5'" . DC  B 2 1  ? 21.891 11.609 21.791 1.00 29.52 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "C5'" 1 
ATOM   390  C  "C4'" . DC  B 2 1  ? 22.246 11.659 23.274 1.00 28.85 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "C4'" 1 
ATOM   391  O  "O4'" . DC  B 2 1  ? 23.643 11.328 23.562 1.00 27.78 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "O4'" 1 
ATOM   392  C  "C3'" . DC  B 2 1  ? 22.093 13.078 23.713 1.00 26.83 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "C3'" 1 
ATOM   393  O  "O3'" . DC  B 2 1  ? 21.761 13.021 25.064 1.00 26.10 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "O3'" 1 
ATOM   394  C  "C2'" . DC  B 2 1  ? 23.541 13.575 23.586 1.00 27.66 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "C2'" 1 
ATOM   395  C  "C1'" . DC  B 2 1  ? 24.295 12.435 24.176 1.00 21.82 ? ? ? ? ? ? 20  DC  E "C1'" 1

很抱歉，我正在尽力向自己解释自己，谢谢您的帮助。

步骤是串联的，所以我不能拆分脚本：可以尝试...问题很简单，我只是想获取Edit 2中所说的内容，即读取第6列（从0开始，其中您在该示例中阅读了AAAAAAABBBBBBBB），将其中包含A的所有行复制到一个名为“ 1d66_A.txt”的文件中，并将所有包含B的行复制到另一个文本文件“ 1d66_B.txt”中，就像在Edit 2中一样。要测试我所做的事情，只需将该脚本复制并粘贴到扩展名为.py的文本文件中（例如my_script.py）；在该脚本的同一文件夹中，创建一个文件夹“ cif”，并将从这些链接下载的cif文件（例如1d66，如果您不想编辑脚本的第72行）放入其中；最后使用命令“ python my_script.py”在外壳程序中运行脚本（我正在使用Linux）：脚本生成四个文件。在本主题中，我将自己参考生成的“ 1d66_atom_hetatm.cif”文件，如我所说，我希望将其拆分为“ 1d66_A.txt”，“ 1d66_B.txt”，“ 1d66_C.txt”，“ 1d66_D.txt”（ 4个文件，因为在1d66中，以ATOM开头的所有行的第6列（从0开始）有4个不同的字母），例如EDIT 2。

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编辑3-@qwwqwwq

我将尝试用文字解释剧本；假设此顺序：

HHHHHLLLLLAAAAABBBBBFFFFF

这是我对CIF文件的起点和终点的一种方案，在使用python对其进行详细说明之前先对其进行合理化，其中：

H = header
L = loop for ATOM and HETATM rows
A = chain A (= column 7) in ATOM 
B = chain B (= column 7) in ATOM 
F = footer

现在，我需要拆分通用cif文件的所有这些部分。为此，我正在编写此脚本，该脚本现在可以生成：

H
L
A+B
F

所以我需要将A与B分开！
为什么使用临时文件？让我解释;这些步骤：

检查ATOM和HETATM行的LOOP在哪里。为此，我搜索字符串“ _atom_site.group_PDB”（脚本的最后三行），然后使用函数“ get_line_number”获得相对行号。我知道循环的长度为26行，所以现在我知道循环的开始和结束位置（开始= begin_atom =“ get_line_number”函数的输出；结束= begin_atom之后的26行，即25行，因为“范围”从0开始，而get_line_number函数从1开始）。因此，现在我可以将循环保存在单独的文件中。
我也可以保存标题（H），因为它从行0开始到行“ begin_atom”（“ get_line_number”函数的输出）
现在，对于A，B和F，我使用了该临时文件（临时文件，因为我最后将其删除了）。我从循环末尾生成临时文件[=（“ begin_atom” +26），即25，因为范围从0开始到文件末尾（“ -1”行），然后将其保存为临时文件，用作写页脚（F）的输入；怎么做？使用构造：

if not (line.startswith('ATOM') or line.startswith('HETATM'))

这样我现在也可以保存页脚！
现在剩下的工作就是拆分以ATOM和HETATM开头的记录中的所有链条（第7列），为此我打开了这个主题。我以为我在编辑2中写了什么。实际上，链（第7列）可以是一个（如文件1QPE中的）或许多（如4TVX文件中的，其中有22个链，即22个不同的字母）在以ATOM或HETATM开头的每一行的第7列中）。

我在脚本中以注释的方式尝试过（请参见EDIT 1之前的内容），该脚本为每个链保存了一个文件（第7列中的不同字母），但是在每个文件中仅写入了ATOM行。清楚，正确地表达了自己

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解决-感谢@qwwqwwq

@qwwqwwq :-)谢谢。我一直在寻找“ cif”文件夹中的输出，却没有意识到，对代码进行少量编辑（请参阅我的编辑）之后，脚本会将文件保存在同一文件夹中：-D。完善！

最终版本在：

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

import sys, os
import os.path
scriptdir = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))
cif_dir = os.path.join(scriptdir, 'cif/')

def get_line_number(phrase, file_name):
    with open(file_name) as f:
        for i, line in enumerate(f, 1):
            if phrase in line:
                return i

def my_header_splitfile(infilepath, chunksize):
    fname, ext = infilepath.rsplit('.',1)
    with open(infilepath) as infile:
        outfilepath = "{}_header.{}".format(fname, ext)
        with open(outfilepath, 'w') as outfile:
            for line in (infile.readline() for _ in range(0,(chunksize-2))):
                outfile.write(line) # END
    temp_lines = open(infilepath).readlines()
    temp_outfilepath = "{}_temp.{}".format(fname, ext)
    atom_hetatm_header_outfilepath = "{}_atom_hetatm_header.{}".format(fname, ext)
    with open(temp_outfilepath, 'w') as outfile:
        outfile.writelines(temp_lines[(chunksize+25):-1]) # END
    with open(atom_hetatm_header_outfilepath, 'w') as outfile:
        outfile.writelines(temp_lines[(chunksize-2):(chunksize+25)])
    footer_lines = open(temp_outfilepath).readlines()
    footer_outfilepath = "{}_footer.{}".format(fname, ext)
    with open(footer_outfilepath, 'w') as outfile:
        for line in footer_lines:
            if not (line.startswith('ATOM') or line.startswith('HETATM')):
                outfile.writelines(line) # END
    temp_atom_hetatm_lines = open(temp_outfilepath).readlines()
    temp_atom_hetatm_outfilepath = "{}_atom_hetatm.{}".format(fname, ext)
    with open(temp_atom_hetatm_outfilepath, 'w') as outfile:
        for line in temp_atom_hetatm_lines:
            if (line.startswith('ATOM') or line.startswith('HETATM')):
                outfile.writelines(line) # END
    """NEW ENTRY"""
    with open(temp_atom_hetatm_outfilepath) as infile:
        for line in infile:
            if line.startswith("ATOM"):
                atom_chain_outfilepath = "{}_atom_chain_{}.{}".format(fname, line.split()[6], ext)
                with open(atom_chain_outfilepath, "a") as outfile:
                    outfile.write(line)
            elif line.startswith("HETATM"):
                atom_chain_outfilepath = "{}_hetatm_chain_{}.{}".format(fname, line.split()[6], ext)
                with open(atom_chain_outfilepath, "a") as outfile:
                    outfile.write(line)
    os.remove(temp_outfilepath) # REMOVE "temp_outfilepath"
    os.remove(temp_atom_hetatm_outfilepath) # REMOVE "temp_atom_hetatm_outfilepath" - FINISH

cif_code = '1d66'.upper() # CHANGE HERE THE PID CODE. i.e. 1D66, 1QPE, 4TVX

filename = '%s%s.cif' % (cif_dir,cif_code.upper())

begin_atom = get_line_number("_atom_site.group_PDB", filename)
#print begin_atom
my_header_splitfile(filename, begin_atom)

现在，您需要编辑PID条目的第55行（即1d66、1qpe，4tvx，...，从Protein Data Bank下载）。

最佳答案

很难在这里说出您的要求，对此感到抱歉。提供适合您的问题主体的样本输入和输出将大有帮助。

听起来您想根据文件第六列中的值拆分文件。

我会做类似的事情：

def meets_criteria(line):
  return line.startswith("ATOM") or line.startswith("HETATM")

with open(large_file) as f:
    for line in f:
        if meets_criteria(line):
            with open(line.split()[6], "a") as of:
                of.write(line)

因此，您将拥有以第六列中的值命名的文件（索引为0）。

您似乎经常使用 .readlines方法，请注意，这会将所有数据读取到内存中，没有理由这样做，这可能是脚本挂在大输入上的原因。

关于python - 如何将文件中具有相同值的所有行保存到文件中，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/28552413/

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