python - 从蛋白质数据库 (PDB) 文本文件中提取列-6ren

python - 从蛋白质数据库 (PDB) 文本文件中提取列

转载作者：太空宇宙更新时间：2023-11-03 17:50:46

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我想在 Python 中使用 Matplotlib 进行绘图，因此从 PDB 文件(蛋白质数据库)中读取一些数据。我想从文件中提取每一列并将这些列存储在单独的向量中。 PDB 文件由包含文本和 float 的列组成。我对 Matplotlib 非常陌生，我尝试了几种建议的方法来提取这些列，但似乎没有任何效果。提取这些列的最佳方法是什么？我将在稍后阶段加载大量数据，因此如果该方法效率不是太低就好了。

PDB 文件看起来像这样:

ATOM      1  CA  MET A   1      38.012   8.932  -1.253
ATOM      2  CA  GLU A   2      39.809   5.652  -1.702
ATOM      3  CA  ALA A   3      43.007   5.013   0.368
ATOM      4  CA  ALA A   4      41.646   7.577   2.820
ATOM      5  CA  HIS A   5      42.611   4.898   5.481
ATOM      6  CA  SER A   6      46.191   5.923   5.090
ATOM      7  CA  LYS A   7      45.664   9.815   5.134
ATOM      8  CA  SER A   8      45.898  12.022   8.181
ATOM      9  CA  THR A   9      42.528  13.075   9.570
ATOM     10  CA  GLU A  10      43.330  16.633   8.378
ATOM     11  CA  GLU A  11      44.171  15.729   4.757
ATOM     12  CA  CYS A  12      40.589  14.150   4.745
ATOM     13  CA  LEU A  13      38.984  17.314   6.105
ATOM     14  CA  ALA A  14      40.633  19.053   3.220
ATOM     15  CA  TYR A  15      39.740  16.682   0.505
ATOM     16  CA  PHE A  16      36.138  17.421   1.566
ATOM     17  CA  GLY A  17      36.536  20.854   2.826
ATOM     18  CA  VAL A  18      34.184  20.012   5.553
ATOM     19  CA  SER A  19      34.483  20.966   9.177

最佳答案

蛋白质数据库 (pdb) 文件格式是一种文本文件格式，描述蛋白质数据库中保存的分子的三维结构。 pdb 格式相应地提供了蛋白质和核酸结构的描述和注释，包括原子坐标、观察到的侧链旋转异构体、二级结构分配以及原子连接性。我在谷歌上找到了这个。

关于提取列，你也可以在google或wiki上找到答案。

关于python - 从蛋白质数据库 (PDB) 文本文件中提取列，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/29133422/

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