python - 如何将子目录与 Ruffus 管道一起使用

Question

Ruffus 管道文档似乎假设代码和数据位于同一目录中。所有示例都有输入和输出文件说明符，没有任何相对路径。如果要转换的文件不在当前目录中，应该如何修改下面的语法？

@transform(map_dna_sequence,                   # Input = previous stage
        suffix(".sam"),                    #         suffix = .sam
        ".bam")  

Answer 1

lastest version Ruffus 允许您输出到新目录:

@transform(map_dna_sequence,           # Input = previous stage
    suffix(".sam"),                    #         suffix = .sam
    ".bam",
    output_dir = "/path/to/a/new_directory")  

否则，您可以使用 formatter() 更改目录或regex而不是后缀。这两者都更强大，但语法更复杂......

顺便说一句，在 ruffus 新闻组上发帖也是个好主意。