python - 从 Python shell 中执行命令行或 R 脚本文件时出现问题

Question

我目前正在使用 optparse 包将 R 脚本文件转换为接受 C 样式长和短标志的命令行可执行文件。该程序在 Ubuntu 上运行。整个应用程序的执行由 Python 脚本控制，该脚本 (1) 首先使用 os.system 调用 script.R 上的 chmod文件如下:

import os 
os.system("chmod +x script.R; export PATH=$PATH:`pwd`")

然后，我再次尝试使用 os.system 从 Python 中执行该程序，如下所示:

program_call = "script.R --arg1 1"
os.system(program_call) 

这会返回错误:

sh: 1: script.R: not found
32512

真正令人费解的是，就在一天前它还运行良好，现在却出错了。我正在与其他几个人一起开发这个应用程序，所以我想知道这是否可能是由于我的管理权限的更改引起的。我已经验证所有必需的文件都包含在当前工作目录中。

Answer 1

第一次调用 os.system 时对 PATH 环境变量的更改不会延续到第二次调用，因为它是一个单独的 shell 进程。如果您在 Python 中修改 PATH，它应该可以工作。尝试一下

os.environ['PATH'] += ":" + os.getcwd()
os.system("chmod +x script.R")
program_call = "script.R --arg1 1"
os.system(program_call)