python - SimpleITK.Show() 在 Linux 上的 ImageJ 中生成错误

Question

编辑说明:这个问题最初表述为

如何在 linux 中将 SimpleITK.Show() 链接到 imageJ？

通过将 SimpleITK 1.0.0 升级到 1.0.1，我能够从 SimpleITK.Show() 启动 ImageJ。但是，ImageJ 无法打开“sample_mri.hdr”。 ImageJ 生成以下错误消息。

File is not in a supported format, a reader

plugin is not available, or it was not found.

root/local/linux/ImageJ/open("/temp/TempFile-7131-2.nii");

root/local/linux/ImageJ/rename("/temp/TempFile-7131-2.nii");

我已经为 ImageJ 安装了合适的插件来读取 hdr/img(分析格式)。我可以通过转到文件>打开

直接从 ImageJ 打开“sample_mri.hdr”

调试信息:

sitk.Show(img, 'sample image', debugOn=True)

FindApplication search path: [ ./Fiji.app, /cis/home/vwang/bin/Fiji.app, ~/bin/Fiji.app, /opt/Fiji.app, /usr/local/Fiji.app ]

Result:

FindApplication search path: [ ./Fiji.app, /cis/home/vwang/bin/Fiji.app, ~/bin/Fiji.app, /opt/Fiji.app, /usr/local/Fiji.app ]

Result:

FindApplication search path: [ ./ImageJ, /cis/home/vwang/bin/ImageJ, ~/bin/ImageJ, /opt/ImageJ, /usr/local/ImageJ ]

Result:

FindApplication search path: [ ./, /cis/home/vwang/bin/, ~/bin/, /opt/, /usr/local/ ]

Result: /usr/local/bin/ImageJ

Show command: '/usr/local/bin/ImageJ' '-e' 'open("/tmp/sample-4434-0.nii"); rename("sample");'

插件:

• > https://imagej.nih.gov/ij/plugins/analyze.html
• > https://imagej.nih.gov/ij/plugins/nifti.html

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如何在 linux 中将 SimpleITK.Show() 链接到 imageJ？

我已经下载了 ImageJ，我可以直接运行 ImageJ 查看图像。过去曾提出并回答过类似的问题(Can not "link"SimpleITK::Show() with FIJI)，但解决方案适用于 Windows 操作系统。什么是 unix 等同于

setx SITK_SHOW_COMMAND "C:\blah\blah\ImageJ\ImageJ.exe

我的 python 代码:

import SimpleITK as sitk

img = sitk.ReadImage("sample_mri.hdr")
sitk.Show(img, 'sample image')

错误信息:

    return _SimpleITK.Show(*args, **kwargs)
RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK Show: 
/tmp/SimpleITK/Code/IO/src/sitkShow.cxx:500:
sitk::ERROR: Error in administrating child process: [No such file or directory]

Answer 1

在 Ubuntu 上，我遇到了完全相同的问题，这是解决方案:

1. 下载http://imagej.net/Fiji
2. 解压Fiji到主目录~/Fiji.app
3. 将此文件夹添加到您的 PATH

fiji 将包括所有你需要显示mri 文件的插件，例如nifti 和mha