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- android - 使用 AppCompat 时,我们是否需要明确指定其 UI 组件(Spinner、EditText)颜色
编辑说明:这个问题最初表述为
如何在 linux 中将 SimpleITK.Show() 链接到 imageJ?
通过将 SimpleITK 1.0.0 升级到 1.0.1,我能够从 SimpleITK.Show() 启动 ImageJ。但是,ImageJ 无法打开“sample_mri.hdr”。 ImageJ 生成以下错误消息。
File is not in a supported format, a reader
plugin is not available, or it was not found.
root/local/linux/ImageJ/open("/temp/TempFile-7131-2.nii");
root/local/linux/ImageJ/rename("/temp/TempFile-7131-2.nii");
我已经为 ImageJ 安装了合适的插件来读取 hdr/img(分析格式)。我可以通过转到文件>打开
直接从 ImageJ 打开“sample_mri.hdr”调试信息:
sitk.Show(img, 'sample image', debugOn=True)
FindApplication search path: [ ./Fiji.app, /cis/home/vwang/bin/Fiji.app, ~/bin/Fiji.app, /opt/Fiji.app, /usr/local/Fiji.app ]
Result:
FindApplication search path: [ ./Fiji.app, /cis/home/vwang/bin/Fiji.app, ~/bin/Fiji.app, /opt/Fiji.app, /usr/local/Fiji.app ]
Result:
FindApplication search path: [ ./ImageJ, /cis/home/vwang/bin/ImageJ, ~/bin/ImageJ, /opt/ImageJ, /usr/local/ImageJ ]
Result:
FindApplication search path: [ ./, /cis/home/vwang/bin/, ~/bin/, /opt/, /usr/local/ ]
Result: /usr/local/bin/ImageJ
Show command: '/usr/local/bin/ImageJ' '-e' 'open("/tmp/sample-4434-0.nii"); rename("sample");'
插件:
如何在 linux 中将 SimpleITK.Show() 链接到 imageJ?
我已经下载了 ImageJ,我可以直接运行 ImageJ 查看图像。过去曾提出并回答过类似的问题(Can not "link"SimpleITK::Show() with FIJI),但解决方案适用于 Windows 操作系统。什么是 unix 等同于
setx SITK_SHOW_COMMAND "C:\blah\blah\ImageJ\ImageJ.exe
我的 python 代码:
import SimpleITK as sitk
img = sitk.ReadImage("sample_mri.hdr")
sitk.Show(img, 'sample image')
错误信息:
return _SimpleITK.Show(*args, **kwargs)
RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK Show:
/tmp/SimpleITK/Code/IO/src/sitkShow.cxx:500:
sitk::ERROR: Error in administrating child process: [No such file or directory]
最佳答案
在 Ubuntu 上,我遇到了完全相同的问题,这是解决方案:
fiji 将包括所有你需要显示mri 文件的插件,例如nifti 和mha
关于python - SimpleITK.Show() 在 Linux 上的 ImageJ 中生成错误,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/45682319/
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