python - rpy2 tests getting "NotImplementedError: Conversion from rpy2 DataFrame to pandas' DataFrame"on ubuntu

Question

如果有人能在这里帮助我，我将非常感激。

我在 ubuntu 13.10 上使用 python 2.7、R 3.0.1，并且我已经按照 rpy2 安装指南成功进行了测试。

当使用此命令通过提示运行测试时 python -m 'rpy2.tests' 我收到以下错误:

rpy2 version: 2.3.8
built against R version: 3-0.1--62743
............................................................................................ ............................................................................................ .........................................................................................................E...........................................................
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ERROR: testPandas2ri
(rpy2.robjects.tests.testPandasConversions.PandasConversionsTestCase)
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Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/tests/testPandasConversions.py", line 74, in testPandas2ri
    pandas_df = robjects.conversion.ri2py(rdataf)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/pandas2ri.py", line 63, in ri2pandas
    raise NotImplementedError("Conversion from rpy2 DataFrame to pandas' DataFrame")
NotImplementedError: Conversion from rpy2 DataFrame to pandas' DataFrame

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Ran 349 tests in 4.297s

我在 python 解释器中安装时遇到同样的错误。我在哪里可以找到这个转换包？

Answer 1

看起来这段代码目前有点变化。显然，有很多人(包括我自己)使用 rpy2 和 pandas，但 rpy2 还没有为此提供稳定的内置转换器。你可以试试 this module在当前的 rpy2 开发版本中:

from rpy2.robjects.pandas2ri import pands2ri
rpy2.robjects.pandas2ri.activate()

根据源代码中的注释，上面的代码似乎还不稳定，因此您最好根据该模块中的函数编写自己的代码。

您也可以尝试 pandas 中的代码。请在此处查看 pandas/rpy2 接口(interface)的文档(自本文档编写以来，该接口(interface)实际上已更新):

http://pandas.pydata.org/pandas-docs/dev/r_interface.html

和源代码:

https://github.com/pydata/pandas/blob/master/pandas/rpy/common.py

例如:

import pandas.rpy.common as com
r_dataframe = com.convert_to_r_dataframe(df)

如果您无法解决问题，请随时就您遇到的具体问题提出问题。