- android - 多次调用 OnPrimaryClipChangedListener
- android - 无法更新 RecyclerView 中的 TextView 字段
- android.database.CursorIndexOutOfBoundsException : Index 0 requested, 光标大小为 0
- android - 使用 AppCompat 时,我们是否需要明确指定其 UI 组件(Spinner、EditText)颜色
我有一个示例 inputfile.txt:
chr1 34870071 34899867 pi-Fam168b.1 -
chr11 98724946 98764609 pi-Wipf2.1 +
chr11 105898192 105920636 pi-Dcaf7.1 +
chr11 120486441 120495268 pi-Mafg.1 -
chr12 3891106 3914443 pi-Dnmt3a.1 +
chr12 82815946 82882157 pi-Map3k9.1 -
chr13 23855536 23856215 pi-Hist1h1a.1 +
chr13 55206682 55236190 pi-Zfp346.1 +
chr1 95700553 95718679 pi-Ing5.1 +
chr13 55313417 55419685 pi-Nsd1.1 +
chr14 27852218 27920472 pi-Il17rd.1 +
chr14 65430438 65568699 pi-Hmbox1.1 -
chr1 120524521 120581739 pi-Tfcp2l1.1 +
chr15 81633147 81657289 pi-Tef.1 +
chr15 89331804 89390691 pi-Shank3.1 +
chr15 103021983 103070259 pi-Cbx5.1 -
chr16 16896549 16927451 pi-Ppm1f.1 +
chr16 17233679 17263523 pi-Hic2.1 +
chr16 17452059 17486929 pi-Crkl.1 +
chr16 24393531 24992661 pi-Lpp.1 +
chr16 43964878 43979143 pi-Zdhhc23.1 -
chr17 25098236 25152532 pi-Cramp1l.1 -
chr17 27993451 28036985 pi-Uhrf1bp1.1 +
chr17 83973363 84031786 pi-Kcng3.1 -
chr1 133904194 133928161 pi-Elk4.1 +
chr18 60844148 60908308 pi-Ndst1.1 -
chr19 10057193 10059582 pi-Fth1.1 +
chr19 44637337 44650762 pi-Hif1an.1 +
chr1 135027714 135036359 pi-Ppp1r15b.1 +
chr2 28677821 28695861 pi-Gtf3c4.1 -
chr1 136651241 136852527 pi-Ppp1r12b.1 -
chr2 154262219 154365092 pi-Cbfa2t2.1 +
chr2 156022393 156135687 pi-Phf20.1 +
chr3 51028854 51055547 pi-Ccrn4l.1 +
chr3 94985683 95021902 pi-Gabpb2.1 -
chr1 158488203 158579750 pi-Abl2.1 +
chr4 45411294 45421633 pi-Mcart1.1 -
chr4 56879897 56960355 pi-D730040F13Rik.1 -
chr4 59818521 59917612 pi-Snx30.1 +
chr4 107847846 107890527 pi-Zyg11a.1 -
chr4 107900359 107973695 pi-Zyg11b.1 -
chr4 132195002 132280676 pi-Eya3.1 +
chr4 134968222 134989706 pi-Rcan3.1 -
chr4 136025678 136110697 pi-Luzp1.1 +
chr1 162933052 162964958 pi-Zbtb37.1 -
chr5 38591490 38611628 pi-Zbtb49.1 -
chr5 67783388 67819359 pi-Bend4.1 -
chr5 114387108 114443767 pi-Ssh1.1 -
chr5 115592990 115608225 pi-Mlec.1 -
chr5 143628624 143656891 pi-Fbxl18.1 -
chr1 172123561 172145541 pi-Uhmk1.1 -
chr6 83312367 83391602 pi-Tet3.1 -
chr6 85419571 85434653 pi-Fbxo41.1 -
chr6 116288039 116359551 pi-March08.1 +
chr6 120786229 120842859 pi-Bcl2l13.1 +
chr7 71031236 71083761 pi-Klf13.1 -
chr7 107068766 107128968 pi-Rnf169.1 -
chr7 139903770 140044311 pi-Fam53b.1 -
chr8 72285224 72298794 pi-Zfp866.1 -
chr8 106872110 106919708 pi-Cmtm4.1 -
chr8 112250549 112261649 pi-Atxn1l.1 -
chr10 41901651 41911816 pi-Foxo3.1 -
chr8 119682164 119739895 pi-Gan.1 +
chr8 125406988 125566154 pi-Ankrd11.1 -
chr9 27148219 27165314 pi-Igsf9b.1 +
chr9 44100521 44113717 pi-Hinfp.1 -
chr9 61761092 61762348 pi-Rplp1.1 -
chr9 106590412 106691503 pi-Rad54l2.1 -
chr9 114416339 114473487 pi-Trim71.1 -
chr9 119311403 119351032 pi-Acvr2b.1 +
chr9 119354082 119373348 pi-Exog.1 +
chr10 82822985 82831579 pi-D10Wsu102e.1 +
chr10 126415753 126437016 pi-Ctdsp2.1 +
chr1 90159688 90174093 pi-Hjurp.1 -
chr11 60591039 60597792 pi-Smcr8.1 +
chr11 69209318 69210176 pi-Lsmd1.1 +
chr11 75345218 75391069 pi-Slc43a2.1 +
chr11 79474214 79511524 pi-Rab11fip4.1 +
chr11 95818479 95868022 pi-Igf2bp1.1 -
chr11 97223641 97259855 pi-Socs7.1 +
chr11 97524530 97546757 pi-Mllt6.1 +
chr1 120355721 120355843 1-qE2.3-2.1 -
chr2 120518324 120540873 2-qE5-4.1 +
chr7 82913927 82926993 7-qD2-40.1 -
Column1=染色体编号
Column2=开始
第 3 列=结束
Column4=基因名称
Column5=方向(+ 或 -)
1.) 我需要提取具有相同染色体编号(第 1 列)的品系,它们的起始位点最大差异为 200(因此 200 或更少) (第 2 列)相反方向(一个是正/负)。
这是我到目前为止所拥有的,不确定我的错误在哪里:
import csv
import itertools as it
f=open('inputfile.txt', 'r')
def getrecords(f):
for line in open(f):
yield line.strip().split()
key=lambda x: x[0]
for i, rec in it.groupby(sorted(getrecords('inputfile.txt'), key=key), key=key):
for c0, c1 in it.combinations(rec, 2):
if (c0[4]!= c1[4] and (abs(int(c0[1])-int(c1[1]))) < 200):
print ("%s\t%s\t%s" % (c0[0], c0[1], c0[3]))
print("%s\t%s\t%s" % (c1[0], c1[1], c1[3]))
*请注意:此代码运行,但我**需要考虑负('-')方向的结束站点(第3列)** 换句话说,在比较时,比较起始站点是否有如果“结束站点”/第 3 列具有负方向,则“+”方向。 如何编辑代码以满足所有条件?
我预计会有大约 15 条独特的序列线。
然后我会对这些行进行排序以消除重复项。
最佳答案
您的检查看起来正确,符合“相同染色体数”、“起始位点差异为 200 或更少”以及“相反方向”。
我为起始站点差异添加了一条打印语句,发现您的差异值都没有接近 200。其中大多数都在数百万。在这个示例文件中,您知道您希望打印哪些文件吗?
对于方向,我不明白你所说的开始和结束具有不同方向是什么意思,因为每行只有一个方向。
关于Python:迭代 .txt 文件以提取数据以匹配您的条件,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/35687908/
初学者 android 问题。好的,我已经成功写入文件。例如。 //获取文件名 String filename = getResources().getString(R.string.filename
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