python - 从字符串列表中计算最接近的字符串匹配

Question

我正在尝试找到一种方法来计算/确定字符串列表中最接近的字符串匹配。

这是我想要找到最接近匹配的字符串:CTGGAG

来自字符串列表:

matchlist = ['ACTGGA', 'CTGGAG', 'CTGGAA', 'CTGGTG', 'ACCGGT']

我尝试使用 difflib 中的 SequenceMatcher:

for t in match:
    assignseqmatch = SequenceMatcher(None, CTGGAG, t)
    ratio = assignseqmatch.ratio()
    seqratiomatchlist.append(ratio)
    for r, s in zip(seqratiomatchlist, neutralhex):
        neutralmatchscores[r].append(s)

但是，当我使用此方法时，列表中的前四个值都报告为具有相同的比率 (0.833333)，而列表中的第三个和第四个值应该具有最高的比率，因为只有一个字母CTGGAG、CTGGAA 和 CTGGTG 之间的区别。我基本上只是想计算两个字符串之间有多少个字母变化。这可能吗？

Answer 1

要查找两个等长字符串 x 和 y 之间字母变化的数量，请执行以下操作:

numChanges = sum(i != j for i, j in zip(x, y))