ubuntu - Pandoc 和 Rstudio Knitr 内存泄漏

Question

我正在尝试在具有 15GB 内存的私有(private) ubuntu amazon ec2 实例上编织一个 .Rmd 文件。我从源代码安装了 rstudio(RStudio 0.99.903 - Ubuntu 12.04+/Debian 8+(64 位))，然后在 here 之后链接了附带的 pandoc 版本。 .

$ sudo ln -s /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc /usr/local/bin
$ sudo ln -s /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc-citeproc /usr/local/bin

并在 PATH 中确认了它

ubuntu@ip-172-31-46-87:~$ pandoc -v
pandoc 1.15.2

从命令行调用 knitr

Rscript -e "rmarkdown::render('Observed.Rmd')" &> run.txt

我可以成功编织小试运行。

然而，当我尝试更大的运行时，我得到了错误

/usr/local/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS SingleSpecies.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output SingleSpecies.html --smart --email-obfuscation none --self-contained -M2GB +RTS -K64m -RTS --standalone --section-divs --table-of-contents --toc-depth 3 --template /home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rmarkdown/rmd/h/default.html --number-sections --variable 'theme:spacelab' --include-in-header /tmp/RtmpWXb9A4/rmarkdown-str58570a61934.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --no-highlight --variable highlightjs=/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rmarkdown/rmd/h/highlight --variable navigationjs=/home/ubuntu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rmarkdown/rmd/h/navigation-1.0 
Error: pandoc document conversion failed with error 127
Execution halted
Warning message:
system call failed: Cannot allocate memory 

我已经尝试增加堆大小，继另一个 SO question ，通过添加到 YAML

output: 
  html_document:
    keep_md: yes
    number_sections: yes
    theme: spacelab
    toc: yes
    pandoc_args: [
    "-M2GB", "+RTS", "-K64m", "-RTS"
    ]

我也试过

self_contained: no

从中我可以看到编织的数字总共只有40MB

ubuntu@ip-172-31-21-194:~/Whales$ du SingleSpecies_files/ -sh
40M     SingleSpecies_files/

在 e2c 上，我以五分钟为增量跟踪内存。

而且我可以看到 knitr(或 pandoc)开始消耗内存，在五分钟内超过 10GB。是什么导致了这种泄漏？是的，有几十个数字，一些来自 ggmap，但它们远未说明所有内存分配。我认识到这是不可重现的，但我已经尽力做到彻底。欢迎所有建议。

我怀疑因为我在 rstudio 之外运行 knitr，所以有一个 rstudio 环境变量可以稳定大型 knitr 运行？

Answer 1

在 ubuntu 14.04 中使用当前版本的 RStudio 这两个命令中的任何一个都会使 ubuntu 加载越来越多的内存直到崩溃:

Sys.setenv(LANG = "en")
Sys.setlocale("LC_TIME", "en_US")