R 不使用超过 4GB 的内存

Question

我在 Ubuntu 12.10 AMD64 上运行 64 位 R。我最近向我的系统添加了额外的 8GB 内存，使它的总内存达到 12GB。但我注意到，每当(单个 R session 的)内存使用量超过 4GB 时，R 都会给我一个错误。当我并行运行 6 个 R session 时，每个 session 消耗约 3 GB 的内存，我的所有内存使用量增加到 11 GB。但是单个 R session 不能使用超过 4GB!我需要在大型数据集上训练随机森林模型，并且我需要 > 4GB 的单个 R session 。

更新:

R> sessionInfo()

R version 2.15.1 (2012-06-22)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[7] base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.15.1

更新 2:

$ ulimit -a
core file size          (blocks, -c) 0
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 0
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 92787
max locked memory       (kbytes, -l) 64
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 1024
pipe size            (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues     (bytes, -q) 819200
real-time priority              (-r) 0
stack size              (kbytes, -s) 8192
cpu time               (seconds, -t) unlimited
max user processes              (-u) 92787
virtual memory          (kbytes, -v) unlimited
file locks                      (-x) unlimited

Answer 1

我怀疑您设置了进程限制，将任何给定进程限制为 4G。

尝试 ulimit -a 并查找与内存相关的任何非无限值。

此外，检查文件 /etc/security/limits.conf 和 /etc/security/limits.d/ 中的任何文件以获取有关内存限制的条目。

特别是这两个:

data
as

请参阅 man limits.conf 了解 PAM 可以强制执行的配额。