r - 在 Debian/Ubuntu 中安装 R 包 XML

Question

我刚开始使用 Ubuntu，想在 R 中编程。我从终端成功安装了最新版本的 R(当前为 2.12.2)。然后我尝试运行以下命令:

> install.packages("XML")
Installing package(s) into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages("XML") :
  'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable
Would you like to create a personal library
'~/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12'
to install packages into?  (y/n) 

我应该创建个人目录还是我错过了某个允许我写入站点库的步骤。

提前致谢。

Answer 1

sarnold 的评论非常正确。在 Debian(以及 Ubuntu)包中，目录 /usr/local/lib/R/site-library/ 由文件 /var/lib/dpkg/info/r 创建-base-core.postinst 脚本——相关代码为:

# edd 03 Apr 2003  cf Section 10.1.2 of Debian Policy
if [ ! -e /usr/local/lib/R ]; then
  if mkdir /usr/local/lib/R 2>/dev/null; then
    chown root:staff /usr/local/lib/R
    chmod 2775 /usr/local/lib/R
  fi
fi
if [ ! -e /usr/local/lib/R/site-library ]; then
  if mkdir /usr/local/lib/R/site-library 2>/dev/null; then
    chown root:staff /usr/local/lib/R/site-library
    chmod 2775 /usr/local/lib/R/site-library
  fi
fi

因此该目录归 root:staff 所有，模式为 2775，即“用户和组读写，其他用户只读”。

所以要在那里写，你有两个基本选择:

1. 始终使用 sudo 或成为笨拙的 root。

2. 将自己添加到组 staff。它可能有一个用户友好的 GUI；我是 Unix 老派，通过编辑 /etc/group 和 /etc/gshadow 手动完成——之后你可以直接安装(你需要一个新的shell 拥有这些权利，或者只是启动一个新的终端)。你当然也可以选择一个不同的组，或者创建一个，但是你还需要相应地改变 /usr/local/lib/R/ 中的目录树。

希望这对您有所帮助。 r-sig-debian 列表是解决此类 Debian/Ubuntu 问题的好地方，我推荐它。这个问题以前在那里出现过。

编辑:此外，相当数量(更复杂的)包是 Ubuntu/Debian 的一部分，因此要获取 XML，您只需执行 sudo apt-get install r-cran- xml。执行 apt-cache search r-cran 以查看可用的内容。