python - 如何通过配置文件在 SLURM 中使用 sbatch

Question

我想使用 sbatch 运行 python 脚本，但是，似乎使用 sbatch 运行 python 脚本的唯一方法是拥有一个 bash 脚本，然后运行该 python 脚本。就像拥有 batch_main.sh 一样:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=python_script

arg=argument

python python_batch_script.sh

然后运行:

sbatch batch_main.sh

问题是我希望有一个单独的参数配置文件(因为它通常不是单个数字或参数)并且还能够使用数组选项。另外，我通常同时运行多个不同 sbatch 作业(使用不同配置)，因此如果更改配置文件不会造成任何影响，那就太好了不同的 sbatch 运行会相互妨碍(因为如果作业排队，然后配置文件稍后更改，它将运行最新的配置文件，而不是我运行 sbatch 时的配置副本)。为了解决这个问题，我发现当我运行 sbatch 脚本时，SLURM 实际上会将提交脚本复制到其内部数据库(我在询问后发现了它: Changing the bash script sent to sbatch in slurm during run a bad idea? )。因此，我实际上决定将配置硬编码到 bash 提交脚本中(本质上使提交脚本成为配置文件)。这样我只需编辑提交脚本，然后运行该文件。然而，我想阻止这个，因为这让我用 bash 编写，我想不惜一切代价避免。

理想情况下，我想运行一个直接运行 python 的 sbatch。

由于这可能不可能，我想知道还有哪些其他选项可以解决此问题。例如，是否可以让 slurm 将不同的文件(如 python 配置文件)复制到其内部数据库，以便当它对作业进行排队时，它运行我确切想要运行的作业？ (请注意，运行 sbatch 作业然后更改配置文件不是执行此操作的方法，因为这可能会在更改配置文件时导致问题，slrum 将读取配置的最新副本而不是配置的副本当作业运行时)。或者我还有什么其他选择？我真的坚持编写 bash 还是我可以做其他事情来处理 python 中的配置而不是其他一些奇怪的黑客？

总的来说，我还想知道人们在现实世界中为此做了什么，或者对此有什么好的做法/标准。

Answer 1

Python 脚本是有效的提交文件，前提是它们以 python shebang 开头(通常是 #!/usr/bin/env python)。

例如:

#!/usr/bin/env python
#SBATCH --time=...
#SBATCH --partition=...

import sys
jobid=sys.environ["SLURM_JOB_ID"]
print "Hello World from job %s" % jobid

请注意，如果您的脚本导入自定义模块，则即使它们位于当前目录中，您也需要设置 PYTHONPATH。