python - os.system 不查找我路径中的程序

Question

在 python 脚本中调用程序时遇到问题。给我带来问题的程序是我在计算机上手动安装的程序，然后将它们添加到 .bashrc 文件的路径中。使用“sudo apt-get install some_program”安装的程序不会给我带来任何问题

程序按以下方式添加到我的 .bashrc 文件中:

#path to fastqc 
export PATH=$PATH:/home/bioinfor3/bin/FastQC/
#path to fastx-toolkits
export PATH=$PATH:/home/bioinfor3/bin/fastx/

在我的 PyCharm 中，我使用 os 模块通过以下方式调用这些程序:

os.system('fastqc seq.fastq')

我收到此错误

sh: 1: fastqc: not found

我猜它与 sh 路径或其他东西有关，但我无法使其工作

编辑:

如果从终端启动 Pycharm，它会继承带有我个人路径的 bashrc 文件并且可以正常工作

Answer 1

发生这种情况可能是因为您修改了登录环境来调整 PATH，但运行 PyCharm 的 shell 无法看到此更新的路径，或者 PyCharm 似乎以某种方式使其无效。

您应该首先验证

os.system('/home/bioinfor3/bin/FastQC/fastqc seq.fastq')

按照您的预期运行(没有理由不这样做，但值得检查)。

好像来自this answer默认情况下，PyCharm 不使用 bash 作为其 shell，而是使用 tcsh。因此，它看不到您在 bash 上强制执行的设置。