Python - 3D 医学图像配准库

Question

Python 中有哪些库可以读取扩展名为.vtk 或.STL 的CT 模型文件，并与普通视频进行3D 图像配准。我已经找到了很多具有这种能力的软件，但我正在寻找的不是一个程序，而是一个 Python 库，例如 Numpy 或 OpenCV，我需要做的就是 import numpy 或 import CV2.

编造了我想做的事的例子

• 第 1 步 - 获取人头骨的 3D CT 模型
• 第 2 步 - 将 3D CT 模型读入 Python
• 第 3 步 - 获取一个人静止不动的普通视频
• 第 4 步 - 对 3D CT 颅骨进行配准，普通视频中的人头
• 第 5 步 - 显示注册输出

我找到了几个“似乎”可以做这类事情的 Python 库，但是它们在库描述中没有足够的信息来确定这就是我想要的。我也愿意使用多个库。有没有人做过类似的事情，如果有任何图书馆经验的人可以给我一些建议，那就太好了，谢谢。如果没有，我也会考虑其他语言的库。

到目前为止我考虑了什么

1. C++ 中的 FW4SPL 库
2. C++ 中的 MITK 库
3. Python 中的 MeVisLab 软件
4. C++ 中的 Elastix 库
5. Python 中的 SimpleElastix 库
6. C++ 中的 ITK 库
7. Python 中的 SimpleITK 库

对于FW4SPL和MITK，由于调试旧错误后不断出现新错误，我一直无法成功编译源代码。看来新错误的发生不会停止(我已经花了很多时间做这个，不想再继续了)。

对于 MeVisLab，这不是 numpy 或 opencv 等 Python 库，而是一个据称可编程的 GUI .

对于Elastix、SimpleElastix、ITK和SimpleITK来说，确实是C++和Python库，看起来很完美但我不确定他们是否提供了我上述申请的要求。另外，我对彼此之间的关系感到很困惑。

Answer 1

我是第一次玩 vtk 和 STL 文件。你的问题让我很好奇，但我显然没有经验。在上述评论之前，我开始研究这个。对不起，我没有意识到我们跑题了。所以我现在给你我的结论，因为它是为共享而构建的。

1) 对于 .vtk 文件事实证明，我看到的大多数库都是针对 python 2.7 的，而我更喜欢最新版本(目前为 3.5)。对于 3.5，我最终采用了看起来很有前途的“woodscn”版本，在我看来，所有需要的信息都在 Reading a .vtk file with python 上进行编码。

2) 对于 .STL 文件'conda-forge' 中的 'neSTLy' 包看起来不错，在 https://github.com/fhcrc/nestly/blob/master/examples/basic_nest/make_nest.py 上有一个典型的例子

那么你只需要在 python 脚本中编写 import vtk 和 import neSTLy。

希望对你有帮助