python - 如何使用 Python 绘制所有峰

Question

我正在使用 peakutils Python 包来检测数据中的峰值(estimated.csv 的第二列 - 找到 here (点击链接)。

这是我找到峰值的代码:

#/usr/bin/python -tt

import pandas as pd
import peakutils

estimated_data = pd.read_csv("estimated.csv", header=None)
col2 = estimated_data[:][1] # Second column data
print(col2[:]) # Print all the rows
index = peakutils.indexes(col2, thres=0.4, min_dist=1000)
print(index) 

峰值检测工作得很好。我想绘制所有检测到的峰，因为它在以下教程中。

https://plot.ly/python/peak-finding/

不过好像plotly离线好像不行。是否有使用 Python 包(如 matplotlib)的不同方法来完成此操作？

Answer 1

可以通过使用带标记的图来使用 matplotlib 绘制峰值。数据由从 peakutils 函数中找到的索引编制索引。

import pandas as pd
import peakutils
import matplotlib.pyplot as plt

estimated_data = pd.read_csv("data/estimated.csv", header=None)
col1 = estimated_data[:][0] # First column data
col2 = estimated_data[:][1] # Second column data

index = peakutils.indexes(col2, thres=0.4, min_dist=1000)

plt.plot(col1,col2, lw=0.4, alpha=0.4 )
plt.plot(col1[index],col2[index], marker="o", ls="", ms=3 )

plt.show()

为了用一条线连接峰(如评论中所要求的)，on 将简单地省略 ls="",

plt.plot(col1[index],col2[index], marker="o", ms=3 )