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python - 在 Snakemake 中全局加载 R 库

转载 作者:太空宇宙 更新时间:2023-11-03 15:47:19 25 4
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我目前正在使用 Snakemake 构建 NGS 管道,并且遇到有关 R 库加载的问题。我的规则调用的几个脚本需要加载 R 库。由于我找不到全局加载它们的方法,因此它们被加载到 R 脚本内部,当我在多个单独的输入文件上运行相同的规则集时,这当然是多余的计算时间。

有没有一种方法可以保留一个 R session 来执行多个规则并提前加载所有必需的库?

干杯,祖普

最佳答案

恐怕不是。这对于 (a) 本地系统(绕过 Python GIL)和 (b) 集群系统(调度到单独的节点)有性能原因。即使本地计算机上有解决方案,也需要注意并行作业之间不会共享 session 。如果您确实需要确保时间安全,我建议合并这些脚本。

关于python - 在 Snakemake 中全局加载 R 库,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/41639782/

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